Los inhibidores químicos de la VPS37C emplean diversos mecanismos para alterar la función de la proteína, que es parte integrante del sistema de tráfico endosómico dentro de las células. La concanamicina A y la bafilomicina A1 se dirigen a la H+-ATPasa de tipo vacuolar (V-ATPasa), inhibiendo la acidificación de endosomas y lisosomas. Esta inhibición eleva el pH dentro de estos orgánulos, impidiendo así el papel de VPS37C en la vía endocítica, ya que la proteína depende de un cierto ambiente ácido para mediar en el tráfico vesicular. Del mismo modo, la cloroquina y su análogo hidroxicloroquina, junto con el NH4Cl, también alteran el entorno ácido dentro de los endosomas y lisosomas. Al aumentar el pH, estos productos químicos interfieren con la función normal de VPS37C, que depende de la acidez del orgánulo para los procesos de clasificación y tráfico.
Otros inhibidores, como Dynasore y MiTMAB, actúan sobre la dinamina, una GTPasa esencial para el desprendimiento de la membrana de las vesículas recubiertas de clatrina. La inhibición de la función de la dinamina impide la formación adecuada de vesículas endosómicas, lo que afecta indirectamente a la VPS37C al dificultar el tráfico y la entrega de las vesículas a sus lugares designados dentro de la célula. La monodansilcadaverina, aunque se conoce principalmente como marcador autofágico, también desempeña un papel en la inhibición de la VPS37C al interrumpir el proceso autofágico, que puede estar relacionado con la clasificación y el tráfico endosómico. La genisteína, al inhibir las tirosina quinasas, afecta a las vías de señalización que pueden modular el tráfico endocítico y, por tanto, podría modular indirectamente la actividad de VPS37C. Wortmannin y LY294002, ambos inhibidores de PI3K, interrumpen el tráfico endosomal temprano al impedir la maquinaria del complejo de clasificación endosomal necesario para el transporte (ESCRT), que es esencial para la función de VPS37C en la clasificación de proteínas dentro de los endosomas. Por último, la EIPA, al impedir la reacidificación de los orgánulos intracelulares, altera el pH endosomal, alterando así el entorno funcional necesario para el papel de VPS37C en la clasificación y el tráfico de proteínas.
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