Die chemische Klasse der MBD3L5-Inhibitoren umfasst Verbindungen, die die funktionelle Aktivität des MBD3L5-Proteins beeinträchtigen. Die Rolle von MBD3L5 besteht in der Bindung an methylierte DNA; daher können Wirkstoffe, die die DNA-Methylierungsmuster verändern, die Aktivität des Proteins modulieren. So kann beispielsweise 5-Azacytidin, ein Nukleosidanalogon von Cytidin, während der Replikation in die DNA und während der Transkription in die RNA eingebaut werden, was zu einer Hemmung der DNA-Methyltransferasen und einer anschließenden Demethylierung der DNA führt. Diese Verringerung des DNA-Methylierungsniveaus kann zu einer verminderten Bindung von MBD3L5 an die DNA führen, wodurch seine Aktivität gehemmt wird. In ähnlicher Weise greift RG108, ein Nicht-Nukleosid-Inhibitor, direkt in die DNA-Methyltransferasen ein und verhindert die Methylierung von Cytosinen innerhalb des DNA-Moleküls. Durch diese Hemmung der DNA-Methylierung wird das für MBD3L5 verfügbare methylierte DNA-Substrat verringert, was zu einer funktionellen Abnahme der Aktivität des Proteins führt.
Andere Verbindungen wie Procain und Hydralazin, die ursprünglich nicht als DNA-Methylierungsmodifikatoren entwickelt wurden, besitzen nachweislich eine DNA-Demethylierungsaktivität. Procain kann die epigenetische Regulierung der Genexpression beeinflussen, indem es in die DNA-Methylierung eingreift und so die Bindungsaffinität von MBD3L5 an methylierte DNA verringert.
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