CCDC28B Aktivatoren

Gängige CCDC28B Activators sind unter underem Forskolin CAS 66575-29-9, IBMX CAS 28822-58-4, Rolipram CAS 61413-54-5, Okadaic Acid CAS 78111-17-8 und Calyculin A CAS 101932-71-2.

CCDC28B-Aktivatoren würden eine Gruppe von Verbindungen bezeichnen, die die Aktivität des vom CCDC28B-Gen kodierten Proteins verstärken. Unter der Annahme, dass eine solche Klasse existiert, würde der erste Schritt zur Identifizierung dieser Aktivatoren den Einsatz von Hochdurchsatz-Screening-Techniken (HTS) beinhalten. Bei diesem Verfahren werden umfangreiche Bibliotheken chemischer Verbindungen gescreent, um Moleküle zu entdecken, die die Aktivität von CCDC28B hochregulieren können. Bei diesen Screenings werden in der Regel zellbasierte oder In-vitro-Assays verwendet, mit denen Veränderungen der Proteinfunktion nachgewiesen werden können, häufig durch fluoreszierende oder lumineszierende Reporter, die auf die Aktivität des Proteins ansprechen. Verbindungen, die einen messbaren und reproduzierbaren Anstieg des Signals, das der Aktivität des Proteins entspricht, hervorrufen, werden für die weitere Untersuchung vorgemerkt. Anschließend werden sekundäre Assays durchgeführt, um die Spezifität der Wirkungen der Verbindungen auf CCDC28B zu bestätigen.

Nach der Identifizierung der potenziellen Aktivatoren geht es in der nächsten Phase darum, die Wechselwirkung zwischen diesen Molekülen und dem CCDC28B-Protein zu verstehen. Strukturbiologische Techniken wie Röntgenkristallografie oder Kryo-Elektronenmikroskopie können eingesetzt werden, um die Bindung der Aktivatoren an das Protein auf atomarer Ebene sichtbar zu machen. Diese Informationen sind von unschätzbarem Wert, da sie die Identifizierung der wichtigsten Bindungsstellen und der Konformationsänderungen des Proteins ermöglichen, die zu einer erhöhten Aktivität führen. Gleichzeitig werden biophysikalische Assays wie die Oberflächenplasmonenresonanz (SPR) und die isothermale Titrationskalorimetrie (ITC) eingesetzt, um die Bindungskinetik und Affinität der Aktivatoren zum Protein zu quantifizieren. Diese Studien geben Aufschluss darüber, wie schnell und wie stark die Aktivatoren mit dem Protein assoziieren. Darüber hinaus werden Studien zur Struktur-Aktivitäts-Beziehung (SAR) durchgeführt, um die chemische Struktur des Aktivators im Hinblick auf eine bessere Wirksamkeit und Selektivität zu optimieren. Die Chemiker synthetisieren Analoga der aktiven Verbindungen, verändern methodisch Teile des Moleküls und messen die daraus resultierenden Veränderungen der CCDC28B-Aktivität.