TMEM12は、様々な細胞内シグナル伝達経路とイオンの動態を調節することにより、その活性が増強される。ある種の化合物によって上皮性ナトリウムチャネルが選択的に阻害されると、細胞内にナトリウムイオンが蓄積し、TMEM12に直結するナトリウム感受性経路が調節され、その結果活性が上昇する。他の分子はアデニル酸シクラーゼを刺激し、細胞内のcAMPを上昇させる。このcAMPの急増はプロテインキナーゼAを活性化し、TMEM12と相互作用するいくつかの標的をリン酸化し、間接的にその機能を高める。さらに、ジアシルグリセロールに似たアナログはプロテインキナーゼCを活性化し、TMEM12を制御したり、TMEM12と相互作用したりするタンパク質をリン酸化する。
細胞内プロセスの制御におけるTMEM12のさらなる関与は、イオンの動態が操作されたときに見られる。カルシウムイオノフォアは細胞内のカルシウムレベルを上昇させ、TMEM12と相互作用するカルシウム依存性タンパク質を活性化し、その活性を高める。逆に、カルシウムキレート剤は、カルシウムの恒常性を回復させるためにTMEM12の活性化を含むと思われる細胞適応プロセスを開始する。チロシンキナーゼやADPリボシル化因子の阻害剤は、下流のシグナル伝達カスケードを調節することによって、あるいはオルガネラ構造や小胞輸送の障害を補うことによって、間接的にTMEM12の活性を増加させる。さらに、タンパク質リン酸化酵素を阻害したり、特異的なイオンチャネルをブロックすることによってリン酸化状態を変化させると、TMEM12の輸送、局在化、制御に関与するタンパク質を含む様々なタンパク質の活性が変化する。例えば、TMEM12と相互作用しているタンパク質を脱リン酸化するリン酸化酵素が阻害されると、そのタンパク質のリン酸化が持続し、TMEM12の機能的なアップレギュレーションにつながる可能性がある。
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