Los inhibidores químicos de la MD-1 utilizan diversos mecanismos para impedir la función de esta proteína dentro de las vías de señalización inmunitaria. BAY 11-7082, Partenolida y Wedelolactona ejercen sus efectos inhibidores dirigiéndose a la vía NF-κB, que está íntegramente relacionada con la actividad funcional de MD-1. BAY 11-7082 inhibe específicamente la fosforilación de IκBα, un evento precursor de la activación de NF-κB. De forma similar, la Partenolida suprime el NF-κB dirigiéndose directamente a este factor de transcripción e inhibiéndolo, mientras que la Wedelolactona actúa como inhibidor de la IκB quinasa, una enzima clave en el proceso de fosforilación que activa el NF-κB. La emodina y la andrografolida también contribuyen a la inhibición del NF-κB, ya que la emodina interfiere en la actividad cinasa de IκB y la andrografolida inhibe la activación del NF-κB modificando los residuos de cisteína en su vía de activación.
Junto con éstos, el SN50, el PDTC, el QNZ (EVP4593), el TPCA-1, el JSH-23, el IMD-0354 y el sulforafano constituyen un grupo de inhibidores que impiden la activación y la translocación nuclear del NF-κB, que es un paso crítico para que el MD-1 ejerza su función en las respuestas inmunitarias. El SN50 contiene una secuencia peptídica que impide la translocación nuclear del NF-κB activado. El PDTC bloquea la modificación oxidativa de IκB, impidiendo así la degradación que de otro modo conduciría a la activación de NF-κB. QNZ detiene la translocación de NF-κB al núcleo y su posterior actividad transcripcional. TPCA-1 inhibe selectivamente IκB quinasa-2, crucial para la degradación de IκB. El JSH-23 impide que el NF-κB entre en el núcleo y se una al ADN, el IMD-0354 inhibe la quinasa IκB y el sulforafano bloquea la degradación de IκB. Estas diversas acciones químicas convergen en el resultado común de inhibir el NF-κB, reduciendo así la actividad funcional del MD-1 en las cascadas de señalización inmunitaria.
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