Chemische Inhibitoren von HIPK3 umfassen eine Vielzahl von Verbindungen, die auf die Kinaseaktivität oder die Signalwege, an denen HIPK3 beteiligt ist, abzielen. Staurosporin, ein bekannter Kinaseinhibitor, kann HIPK3 direkt hemmen, indem er seine ATP-Bindungsstelle besetzt und dadurch die Phosphorylierung nachgeschalteter Ziele verhindert. In ähnlicher Weise wirkt K252a, indem es mit ATP an der Kinasedomäne von HIPK3 konkurriert und so dessen katalytische Aktivität wirksam hemmt. Dieser Mechanismus gilt auch für 5-Iodtubercidin, das als Adenosin-Analogon an die ATP-bindende Tasche von HIPK3 bindet, wodurch es enzymatisch inaktiv wird. LY294002 trägt indirekt zur Hemmung von HIPK3 bei, indem es auf den PI3K/AKT-Signalweg abzielt; da die AKT-Phosphorylierung an der HIPK3-Aktivierung beteiligt sein kann, senkt LY294002 die HIPK3-Aktivität, indem es die PI3K/AKT-Signalübertragung reduziert.
Weiter unten in der Reihe der indirekten Inhibitoren wirkt Rapamycin auf mTOR, eine zentrale Kinase für Zellwachstum und -proliferation, die eine nachgeschaltete Wirkung auf die HIPK3-Aktivität haben kann. Sorafenib und Sunitinib, beides Multikinase-Inhibitoren, wirken auf verschiedene Kinasen innerhalb von Signalwegen, die zur HIPK3-Aktivierung führen können, und verringern so die funktionelle Leistung von HIPK3. Dasatinib, ein Kinaseinhibitor der Src-Familie, kann die Aktivität von HIPK3 indirekt verringern, indem er vorgelagerte Kinasen hemmt, mit denen HIPK3 interagieren kann. Darüber hinaus begrenzen Inhibitoren, die auf den MAPK/ERK-Signalweg abzielen, wie U0126 und PD98059, indirekt die HIPK3-Aktivität, indem sie die Aktivierung von MEK, einer Schlüsselkinase in diesem Signalweg, die die HIPK3-Aktivität modulieren kann, verringern. SB203580 schließlich ist ein p38-MAPK-Inhibitor, der zu einer verringerten HIPK3-Aktivität führen kann, indem er die p38-MAPK beeinflusst, die in bestimmten zellulären Kontexten möglicherweise mit den HIPK3-Regulierungsmechanismen verbunden ist.
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