HIF-3α阻害剤は、DNA結合、タンパク質の安定性、転写活性など、さまざまなレベルでHIFシグナル伝達経路を阻害する広範な化合物からなる。これらの阻害剤はHIF-3αを直接標的にはしないが、低酸素シグナル伝達経路を調節し、結果としてHIF-3α活性を低下させる。例えば、エキノマイシンはHIFのDNA結合部位を直接阻害することにより作用し、低酸素応答性遺伝子の転写活性化を阻止する。同様に、YC-1とジゴキシンは、HIF-αサブユニットの合成と安定性を破壊し、HIFファミリー内の恒常性フィードバックループの破壊により、HIF-3αのレベルまたは活性の低下につながる。
トポテカンやケトミンのように、HIFが転写活性のために依存する分子機構を標的とする阻害剤もあれば、KC7F2やPX-478のように、HIFの転写活性を調節する阻害剤もある。SAHA、セラストロール、ベルベリンは、エピジェネティックな調節を介して、あるいはプロテアソーム分解経路に影響を与えることによって間接的な阻害に関与し、多数の細胞標的の中でもHIF-3αに影響を与える。
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