GNPAT 的化学抑制剂可通过影响醚脂生物合成途径的各种机制发挥抑制作用。过氧化物酶体增殖剂(如吉非罗齐)会诱导过氧化物酶体增殖,进而上调过氧化物酶体β-氧化。这一过程会耗尽可供 GNPAT 用于醚脂合成的脂肪酸水平。已知会破坏脂质代谢的他莫昔芬会导致脂质合成和储存失衡,从而减少对 GNPAT 酶活性至关重要的底物供应。同样,邻苯二甲酸盐,尤其是邻苯二甲酸二(2-乙基己酯)也会扰乱脂质代谢,从而减少 GNPAT 功能所需的脂质底物。
Triacsin C 是一种长链酰基-CoA 合成酶抑制剂,它通过阻止脂肪酸的活化来减少 GNPAT 活性所需的酰基-CoA 池。同样,cerulenin 通过抑制脂肪酸合成酶,限制了脂肪酸的合成,从而减少了 GNPAT 介导的醚脂合成所需的前体。肉碱棕榈酰基转移酶 1(CPT1)抑制剂 Etomoxir 可导致脂肪酸酰-CoA 水平升高,从而抑制 GNPAT 的产物。氯丙嗪和硫利达嗪都会影响脂质代谢,可减少 GNPAT 底物的供应,从而在功能上抑制其合成醚脂的作用。抗菌剂三氯生会抑制脂肪酸的合成,从而导致 GNPAT 的底物供应减少。他汀类药物,包括洛伐他汀、辛伐他汀和阿托伐他汀,可抑制 HMG-CoA 还原酶,已知会影响胆固醇和脂质的合成途径。这些他汀类药物对 HMG-CoA 还原酶的抑制会导致细胞脂质分布发生复杂的变化,从而减少 GNPAT 所需的脂质底物库。底物供应的减少会在功能上抑制 GNPAT 合成醚脂的活性。
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