Gli inibitori chimici di FHL1 possono esercitare i loro effetti inibitori attraverso varie vie di segnalazione con cui FHL1 è noto per interagire. Y-27632 ha come bersaglio la protein chinasi Rho-associata ROCK1, coinvolta nella dinamica citoscheletrica. Inibendo ROCK1, Y-27632 può ridurre l'effetto regolatore che FHL1 ha sul citoscheletro, portando a un'inibizione funzionale di FHL1. Analogamente, SB203580, che inibisce p38 MAPK, può interrompere le vie di segnalazione della risposta allo stress in cui FHL1 è implicata, inibendo così la funzione della proteina. PD98059, avendo come bersaglio MEK, che è a monte di ERK, può inibire la segnalazione della via ERK in cui FHL1 svolge un ruolo, portando alla sua inibizione funzionale. SP600125, inibendo JNK, può interferire con i processi di segnalazione dell'apoptosi che coinvolgono FHL1. LY294002 e Wortmannin inibiscono entrambi PI3K, che fa parte della via PI3K/Akt, una via di segnalazione in cui FHL1 può essere coinvolta, inibendo così la funzione della proteina in queste vie.
Inoltre, GW5074 inibisce la c-Raf chinasi, che fa parte della via MAPK/ERK, e così facendo può interrompere la cascata di segnalazione che coinvolge FHL1. U0126 ha come bersaglio MEK1/2 e il suo effetto inibitorio sulla via MAPK/ERK può portare all'inibizione di FHL1. La rapamicina inibisce la via mTOR, che a sua volta può inibire il ruolo di FHL1 nelle vie di segnalazione della crescita e della proliferazione cellulare. PP2 e Dasatinib inibiscono le chinasi della famiglia Src, con Dasatinib che ha come bersaglio anche c-KIT, che fanno parte della segnalazione mediata dall'integrina e di altre vie di segnalazione che coinvolgono FHL1, portando all'inibizione funzionale della proteina. Infine, GSK2334470 inibisce PDK1 nell'ambito della via PI3K/Akt, in cui FHL1 interagisce notoriamente, inibendo così potenzialmente l'attività di FHL1 in questa via. Ognuno di questi inibitori ha come bersaglio specifici enzimi o chinasi che fanno parte di vie di segnalazione cellulare note per coinvolgere FHL1, portando così all'inibizione funzionale della proteina senza influenzarne i livelli di espressione.
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