CARFの化学的阻害剤は、DNA損傷応答や細胞周期調節における役割に関連する様々なメカニズムを通して、その機能を阻害することができる。強力なキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンは、CARFのリン酸化に関与するキナーゼを阻害することができるため、シグナル伝達経路におけるCARFの活性を低下させる可能性がある。同様に、UCN-01がプロテインキナーゼCを阻害することで、CARFがその一部となっているシグナル伝達経路が破壊され、機能的活性が低下する可能性がある。シスプラチンとマイトマイシンCは、ともにDNA架橋剤であり、広範なDNA損傷を誘発することによってCARFのDNA修復能力を圧倒し、その修復機能を阻害する可能性がある。DNAトポイソメラーゼ複合体を安定化させるエトポシドとカンプトテシンは、DNA切断を増加させる。これはCARFのDNA修復能力を飽和させ、その機能を効果的に阻害する。
一方、ヒドロキシ尿素とアフィジコリンはDNA合成と複製を標的とする。ヒドロキシ尿素はリボヌクレオチド還元酵素を阻害することでDNA合成を減少させ、CARFが通常対処する複製ストレスを減少させることで間接的にCARFを阻害することができる。アフィジコリンはDNAポリメラーゼαとδを阻害することにより、複製フォークを停止させ、CARFの複製過程への関与を損なう可能性がある。アクチノマイシンDはRNAポリメラーゼを阻害し、CARFが関与している可能性のある転写連関DNA修復過程に影響を与える可能性がある。ベツリン酸はミトコンドリア経路を介してアポトーシスを誘導し、細胞の生存と周期調節におけるCARFの役割を阻害する可能性がある。MG-132はユビキチン・プロテアソーム系を破壊し、ストレス応答におけるCARFの役割を間接的に阻害する。メビノリンは、HMG-CoA還元酵素を阻害することにより、コレステロールの生合成と細胞膜の構成に影響を与え、間接的にCARFの細胞内での相互作用と細胞ストレスに対する機能的反応に影響を与える可能性がある。
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