基因沉默子

Santa Cruz Biotechnology now offers target-specific CRISPR/Cas9 Knockout (KO) Plasmids, CRISPR Double Nickase Plasmids, CRISPR/ dCas9 Activation Plasmids and CRISPR Lenti Activation Systems for over 18,910 human and 18,340 mouse protein encoding genes.

RNAi 历史

RNA 干扰(RNAi)现象首次由诺贝尔奖获得者 Fire 和 Mello 在 C. elegans 中发现(1),现在已成为分子生物领域最重要的发现之一。内源性 RNAi 活性与转位子变异性的调节(2),决定基因表达路径 (3)以及细胞命运(4)有关,是先天性细胞防御病毒感染的一个重要因素(5)。已经确定有三种 RNAi 机制对靶基因表达进行控制。RNAi 通过修改异染色质形成调节基因转录(6)。RNAi 使用两种转录后控制形式。第一,RNAi 可抑制目的 mRNA 翻译(7)。第二,RNAi 可直接通过 RISC 复合物降解目的 mRNA(8)。DICER 第一步处理是将 dsRNA 在 3' 端留出两个核苷酸碱基突出。由此启动 dsRNA 与 RISC 复合物结合并激活 argonaute 酶 (RISC 复合物 RNAse 成分),降解一股 RNA 链。保留的前导链,通过互补使 RISC 复合物与相关的RNA结合,然后导致目的RNA被剪切。

RNAi 的发现给研究者带来了一个强有力的实验工具并且成为一种被看好的潜在的治疗手段,发现者 Andrew Z. Fire and Craig C. Mello 由此获得了 2006 年度诺贝尔生理和医学奖。在实验研究中 RNAi 分子正被用于各种有机体和细胞的单一靶基因表达的抑制调节,以探索其上述三种作用机制。这项技术对于控制试验系统研究单一基因和蛋白功能以及与其它基因和蛋白的关系是非常有用的。RNAi 也具有令人鼓舞的潜在临床前景1。

这些 RNAi 作用机制的细节是众多研究的重要课题,还有许多未知等待阐明。而 RNAi 通过 RISC 复合物控制目的 mRNA 降解的作用模式则是对其机理的最详细的描述,也是最被接受的学说。

Santa Cruz Biotechnology, Inc.向你提供一个完整的 RNAi 基因沉默子系列,包括 siRNA, shRNA 质粒和 shRNA 慢病毒产品, 涵盖了超过 > 99% 的人类和小鼠蛋白编码基因。

圣克鲁斯生物技术公司提供的 RNA 干扰产品

siRNA 基因沉默子

siRNA description:

  • siRNA 是指小的或短的干扰 RNA 分子
  • 转染细胞需要应用亲脂性转染试剂
  • 用于一过性敲除

siRNA product details:

  • RNAi 基因沉默子是由三对目的基因特异性的 19-25 个核苷酸双链 RNA 分子组成的混合物,其 3' 末端各带有 2-nt 的突出硷基
  • 10 µM, 50-100 次转染
  • 为了单独验证封闭效果,根据需要我们还可提供单一 siRNA 产品

Support Products for siRNA Gene Silencers:

  • 相应对照抗体可供使用
  • RT-PCR 引物现货供应
  • siRNA Dilution Buffer, sc-29527
  • siRNA Transfection Reagent, sc-29528
  • siRNA Transfection Medium, sc-36868
  • siRNA Reagent System, sc-45064
  • Control siRNAs, including Control siRNA-A, sc-37007
  • Control siRNA (FITC Conjugate)-A, sc-36869
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siRNA 基因沉默子是如何工作的?

Download siRNA Protocols

FGF-19 siRNA (h): sc-39480

CD9 siRNA (h): sc-35032

Daxx siRNA (h): sc-35178

Cdc6 siRNA (h): sc-29258

cytochrome c siRNA (h): sc-29292

cPLA2 siRNA (h): sc-29280

ERK 1 siRNA (m): sc-29308

c-Src siRNA (h): sc-29228

p53 siRNA (h): sc-29435

Lamin A/C siRNA (h): sc-35776

shRNA 质粒基因沉默子

shRNA Plasmid description:

  • shRNA 是小发夹和短发夹 RNA
  • shRNA 编码基因质粒通过脂通透转染进入细胞
  • shRNA 质粒可短暂地或稳定地抑制靶基因表达
  • shRNA 质粒产品是由三到五种慢病毒载体质粒混合组成,每一种质粒含有靶基因特异编码的 19-25 nt shRNA,及 6pb 折叠区
  • 20 µg, 最多可用于 20 次转染
  • shRNA 转录是由 H1 启动子控制的
  • 提供转染即用型纯化质粒 DNA
  • 转染后,可用嘌呤霉素筛选稳定表达 shRNA 的细胞

Support Products for shRNA Plasmid Gene Silencers:

  • 相应对照抗体可供使用
  • RT-PCR 引物现货供应
  • shRNA Plasmid Transfection Reagent, sc-108061
  • shRNA Plasmid Transfection Medium, sc-108062
  • Control shRNA Plasmid-A, sc-108060
  • Control shRNA Plasmid-B, sc-108065
  • Control shRNA Plasmid-C, sc-108066

Confirm shRNA Plasmid Gene Silencer transfection efficiency with copGFP Control Plasmid: sc-108083

制备稳定表达 shRNA 的细胞

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shRNA 质粒基因沉默子是如何工作的?

Download shRNA Protocols

IL-1α shRNA Plasmid (h): sc-39613-SH

PTN shRNA Plasmid (m): sc-39714-SH

TCF-4 shRNA Plasmid (h): sc-43525-SH

MIS shRNA Plasmid (h): sc-39793-SH

VEGF-D shRNA Plasmid (h): sc-39844-SH

Amylase shRNA Plasmid (h): sc-29675-SH

FGF-19 shRNA Plasmid (h): sc-39480-SH

MMP-9 shRNA Plasmid (h): sc-29400-SH

BMP-4 shRNA Plasmid (h): sc-39744-SH

Cyr61 shRNA Plasmid (h): sc-39331-SH

shRNA 慢病毒颗粒

shRNA Lentiviral Particle description:

  • shRNA 是小发夹和短发夹 RNA
  • 慢病毒颗粒传送 shRNA 编码质粒到靶细胞
  • 可用于一过性或稳定的靶基因敲除
  • 慢病毒颗粒为转导即用型病毒,用于沉默哺乳动物细胞(人类或小鼠)靶基因
  • 200 µl 病毒冻存液含有106 病毒感染单位 (IFU),足够10-20次转导
  • 慢病毒颗粒一般含有三到五种表达结构,每一种结构是由靶特异 19-25 nt shRNA,以及6 bp 折叠区基因编码组成
  • 转导后,可用嘌呤酶素筛选稳定表达 shRNA 的细胞
  • copGFP 对照慢病毒颗粒,可使你通过流式细胞计数或荧光显微镜观察 GFP 表达以确认慢病毒颗粒在靶细胞中的数量
  • 应用 shRNA 慢病毒颗粒的优势在于避免了糟糕的转染技术,并可将 shRNA 导入任何类型的细胞
  • 生物安全信息-慢病毒颗粒可用于标准二级生物安全组织培养设施 (并且需要按照同级别的其它传染性物质的要求进行处理)。慢病毒颗粒是没有自我复制功能的,并且设计为当 shRNA 转导并且整合到宿主 DNA 后,其活性丧失

Support Products for shRNA Lentiviral Particle Gene Silencers:

  • 相应对照抗体可供使用
  • RT-PCR 引物现货供应
  • Control shRNA Lentiviral Particles: sc-108080
  • copGFP Control Lentiviral Particles: sc-108084
  • Puromycin dihydrochloride: sc-108071

制备稳定表达 shRNA 的细胞

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shRNA 慢病毒颗粒基因沉默子是如何工作的?

Download Lentiviral Protocols

应用有效的转导对照

copGFP 对照慢病毒颗粒

293T cells stably transduced with copGFP Control Lentiviral Particles (sc-108084) compared with non-transduced 293T cells as a negative control.


PNP shRNA (h) Lentiviral Particles: sc-45991-V

ephrin-A1 shRNA (m) Lentiviral Particles: sc-39427-V

MCP-4 shRNA Plasmid (h): sc-72122-SH

TNFβ shRNA Plasmid (h): sc-37218-SH

Somatostatin shRNA (h) Lentiviral Particles: sc-39728-V

Fos B shRNA (h) Lentiviral Particles: sc-35403-V

常见问题

  • 使用 shRNA 比 siRNA 的优势是什么?

    siRNA 基因沉默子进入培养细胞,可快速有效地短暂地降低靶基因的表达。使用嘌呤酶素选择 shRNA 或 shRNA 慢病毒颗粒是一种达到稳定基因沉默的方法。因此,如果一个靶基因的蛋白转换较慢,shRNA 质粒或 shRNA 慢病毒颗粒应该是达到同样效果的理想选择。

  • 应用 shRNA 慢病毒颗粒和 shRNA 质粒有什么不同?

    应用 shRNA 质粒进行靶基因沉默需要转染。然而 shRNA 慢病毒颗粒即刻加入各种哺乳细胞,包括原代和未分化细胞。shRNA 质粒和 shRNA 慢病毒颗粒可用嘌呤酶素使其可以稳定表达 shRNA。慢病毒颗粒需用干冰邮寄,而 shRNA 质粒是用蓝冰运输的。

  • 慢病毒 shRNA 产品有什么安全疑虑吗?

    慢病毒颗粒可用于标准二级生物安全组织培养设施 (并且需要按照同级别的其它传染性物质的要求进行处理)。慢病毒颗粒是没有自我复制功能的,并且设计为当 shRNA 转导并且整合到宿主 DNA 后, 丧失其活性。

  • 你的 shRNA 产品序列和你相关的 siRNA 产品是属于同一基因吗?这些序列信息可获得吗?

    是的。我们的 shRNA 质粒编码序列是和相应的 siRNA 基因沉默子产品相同的。这些序列信息对客户提供。请与你的技术服务代表联系。

  • shRNA 质粒产品是由三到五种质粒组成的。它们是以单一产品分装提供吗?你们能否提供分别包装的单一质粒商品?

    shRNA 质粒产品是装在一管中的。根据需要我们提供 siRNA 单一包装产品。将来我们有可能提供单一包装的质粒。

  • 你们使用的是哪种慢病毒颗粒? "载体名称"是什么?

    慢病毒载体是我们特别设计的独有载体,属于商业机密。请告诉我们你需要什么样的信息?为什么?我们将根据情况在允许的范围内尽可能回答你的问题。

  • 你们的载体用什么类型的启动子进行 shRNA 复制?

    载体用 H1 启动子

  • 载体中用何种选择标记?

    载体含有抗嘌呤酶素的嘌呤酶素 N- 酰基转移酶基因编码以筛选成功转染或经转导细胞。

  • 你们是如何增殖慢病毒载体质粒?

    shRNA 质粒和慢病毒颗粒以转染和转导即用产品出售。无须做其它准备。shRNA 基因沉默子是消耗性产品,因此不提供增殖方法。

  • 什么是 copGFP? 使用它对 shRNA 质粒和慢病毒颗粒有什么帮助?

    通过在单独的靶细胞样品中加入 copGFP 质粒或 copGFP 慢病毒颗粒,可以确定靶细胞中转染和病毒转导效果。copGFP 质粒和 copGFP 慢病毒颗粒能表达 copepod 绿色荧光蛋白,可通过荧光显微镜或流式细胞被检测到。

  • shRNA 产品(h)和(h2)的区别是什么?(例如 E-Cadherin, sc-35242-SH 和 sc-44222-SH)

    (h)和(h2)产品是为沉默同一基因设计的,但它们拥有不同的序列。

  • 哪些相关试剂和转染试剂我必须从 SCBT 购买以用于你们 shRNA 质粒?

    我们建议你使用我们的 shRNA 质粒 DNA 转染培养基, sc-108062 和 shRNA 质粒 DNA 转染试剂,sc-108061。我们还推荐你使用我们的对照 shRNA 质粒 DNA,如 sc-108060 (A), sc-108065 (B) 或 sc-108066 (C)。

参考文献

  1. Fire, A., Xu, S.Q., Montgomery, M.K., Kostas, S.K., Driver, S.E. and Mello, C.C. 1998. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature 391: 806-811.

  2. Das, P.P., Bagijn M.P., Goldstein, L.D., Woolford, J.R., Lehrbach, N.J., Sapetschnig, A., Buhecha, H.R., Gilchrist, M.J., Howe, K.L., Stark, R., Matthews, N., Berezikov, E., Ketting, R.F., Tavaré, S. and Miska E.A. 2008. Piwi and piRNAs Act Upstream of an Endogenous siRNA Pathway to Suppress Tc3 Transposon Mobility in the Caenorhabditis elegans Germline. Mol Cell 31: 79-90.

  3. Kawasaki, H., Taira, K. and Morris, K.V. 2005. siRNA Induced Transcriptional Gene Silencing in Mammalian Cells. Cell Cycle 4: 442-448.

  4. Georgantas III, R.W., Hildreth, R., Morisot, S., Alder, J., Liu, C.G., Heimfeld, S., Calin, G.A., Croce, C.M. and Civin, C.I. 2007. CD34+ hematopoietic stem-progenitor cell microRNA expression and function: A circuit diagram of differentiation control. PNAS 104: 2750-2755.

  5. Chotkowskia, H.L., Ciotab, A.T., Jiab, Y., Puig-Basagoitic, F., Kramerb, L.D., Shic, P.Y. and Glaser, R.L. 2008. West Nile virus infection of Drosophila melanogaster induces a protective RNAi response. Virology 377: 197-206.

  6. Kawasaki, H., Taira, K. and Morris, K.V. 2005. siRNA Induced Transcriptional Gene Silencing in Mammalian Cells. Cell Cycle 4: 442-448.

  7. Tamura, Y., Yoshida, M., Ohnishi, Y. and Hohjoh, H. 2008. Variation of gene silencing involving endogenous microRNA in mammalian cells. Mol Biol Rep, epub.

  8. Hammond,S.M., Boettcher, S., Caudy, A.A., Kobayashi, R. and Hannon, G.J. 2001. Argonaute2, a Link Between Genetic and Biochemical Analyses of RNAi. Science 293: 1146-1150.

  9. Zhanga, Y., Yanga, H., Xiaoa, B., Wub, M., Zhoua, W., Lia, J., Lib, G. and Christados, P. 2008. Dendritic cells transduced with lentiviral-mediated RelB-specific ShRNAs inhibit the development of experimental autoimmune myasthenia gravis. Mol Imunol, epub.

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