Os inibidores químicos da PXK funcionam interferindo com várias vias de sinalização e actividades enzimáticas a que a PXK está associada. A esturosporina e a bisindolilmaleimida actuam tendo como alvo as proteínas cinases com as quais se sabe que a PXK interage. A esturosporina é um inibidor da quinase de largo espetro que interrompe a atividade da quinase essencial para a função da PXK nas vias de transdução de sinal. Do mesmo modo, a bisindolilmaleimida inibe especificamente a proteína quinase C (PKC) e, uma vez que a PXK utiliza o seu domínio PX para interagir com a PKC, esta interação é essencial para o papel da PXK na transdução de sinais no interior da célula. Os inibidores da PI3K LY294002 e Wortmannin obstruem a via da PI3K, que é crucial para o envolvimento da PXK na sinalização celular. A inibição da PI3K conduz a um efeito de cascata que acaba por afetar a funcionalidade da PXK. O PP2 e o Dasatinib, que inibem as tirosina-cinases da família Src e uma gama mais vasta de tirosina-cinases, respetivamente, impedem os eventos de fosforilação de que a PXK necessita para funcionar nas vias de sinalização.
Além disso, U0126, SP600125 e SB203580 inibem vários componentes da via MAPK, como MEK, JNK e p38 MAPK. A interação da PXK com a via MAPK significa que a perturbação destas cinases pode levar a uma redução da sinalização e, por conseguinte, da atividade da PXK. O NF449, que tem como alvo a subunidade Gs-alfa das proteínas G, interrompe as vias de sinalização acopladas à proteína G de que a PXK faz parte, levando a uma inibição do seu papel nessas vias. O Go6983, outro inibidor da PKC, tal como a bisindolilmaleimida, assegura a inibição da interação entre a PXK e a PKC, que é vital para a função da PXK na transdução de sinais. Por último, o Y-27632 inibe a cinase ROCK, que tem impacto na organização do citoesqueleto de actina. Uma vez que a PXK está implicada na dinâmica do citoesqueleto, a inibição da quinase ROCK pelo Y-27632 pode levar à interrupção das vias de sinalização em que a PXK está envolvida, inibindo assim o seu papel funcional nos processos celulares.
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