인간 백혈구 항원 (HLA) 분자로도 지정된 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자는 외부 펩티드에 결합하여 T 림프구에 제시하는 세포 표면 수용체이다. MHC 그룹 I 분자는 2개의 폴리펩티드 사슬, α 또는 중쇄 및 비공유 결합 단백질인 β-2-마이크로글로불린으로 구성된다. 세포독성 T 림프구는 MHC 그룹 I 분자에 의해 제시되는 항원성 펩티드에 결합한다. MHC 그룹 I 분자에 결합하는 항원은 전형적으로 8 내지 10개의 잔기이며 펩티드 결합 홈에서 안정화된다. MHC 그룹 II 분자는 다형성 MHC 유전자에 의해 암호화되고 α 및 β 사슬의 비공유 복합체로 구성된다. 헬퍼 T 림프구는 MHC 그룹 II 분자에 의해 제시되는 항원성 펩티드에 결합한다. MHC 그룹 II 분자는 13 내지 18개의 아미노산 항원성 펩티드에 결합한다. 엔도솜/리소솜 구획 및 B 세포의 표면에 축적된 HLA-DM 및 -DO 분자는 펩티드 교환에 유리한 형태를 유지함으로써 그룹 II 분자(HLA-DR)에 대한 외인성 펩티드의 결합을 조절한다. MHC 그룹 I 및 그룹 II 분자의 차등 구조적 특성은 T 림프구의 상이한 집단을 활성화하는 각각의 역할을 설명한다.
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