転写因子IIA(TFIIA)の化学的阻害剤は様々なメカニズムで作用し、転写開始プロセスにおけるこの必須タンパク質の適切な機能を阻害する。トリプトライドはそのような阻害剤の一つであり、プロモーター部位での転写装置の集合を阻止することにより、DNA複合体へのTFIIAの結合を阻害し、転写活性をコアレベルで阻害する。同様に、ジスタマイシンB(DrB)はDNAのマイナーグルーブに結合し、TFIIAに物理的障壁を作り、DNA結合部位へのアクセスを阻止する。この作用により、転写開始複合体中のTFIIAが機能的に阻害される。アクチノマイシンDは、転写開始複合体部位のDNAにインターカレートすることによって阻害効果を発揮し、RNAポリメラーゼIIを妨害し、その結果、TFIIAが開始に関わっているRNA鎖の伸長を阻害する。別のDNAインターカレート剤であるミトキサントロンも、DNA切断を引き起こし、転写プロセスを妨害することにより、TFIIAの機能を阻害する。
DNA付加体と架橋を形成するオキサリプラチンも同様に、DNA構造を変化させ、転写開始に必要な複合体形成を妨げることにより、TFIIAの機能に影響を与える。α-アマニチンはRNAポリメラーゼIIを特異的に標的とし、それによってTFIIAの転写開始における役割を間接的に阻害する。トポイソメラーゼIIとIをそれぞれ標的とするエトポシドとカンプトテシンは、DNA損傷とDNA-トポイソメラーゼ複合体の安定化をもたらし、TFIIAが効果的に機能するために必要なDNAの巻き戻しを妨げる。ヌクレオシドアナログであるコルディセピンは、RNA鎖の伸長を早期に終了させ、TFIIAが促進する転写プロセスを停止させることにより、間接的にTFIIAを阻害する。フラボピリドールは、P-TEFb複合体の一部であるCDK9を阻害する。CDK9は、プロモーター近位の休止部位を越えて転写が伸長するのに必要であり、それによってTFIIAが活性化している転写開始を減少させる。最後に、ブレフェルジンAは細胞内輸送を阻害し、必須転写因子と補因子の輸送と局在に影響を与えることによって、間接的にTFIIAの阻害につながる。
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