GATCの化学的阻害剤は、DNA合成やメチル化過程に干渉する様々なメカニズムを通じて、その機能を阻害することができる。メトトレキサートは、DNA合成に不可欠なジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)を競合的に阻害することにより、チミジン合成経路を直接標的とし、DNA複製に必要な基質であり、その後GATCのメチル化活性に必要なチミジン三リン酸(TTP)の利用可能性を制限する。同様に、5-アザシチジンとデシタビンはDNAとRNAに取り込まれるヌクレオシドアナログとして作用する。これらの化合物はDNAメチルトランスフェラーゼを阻害し、GATCの機能にとって重要なDNAのメチル化を抑制する。正常なメチル化パターンを変化させることにより、GATCがDNAと相互作用してメチル化作用を発揮する能力が阻害される。
DNAメチル化酵素阻害剤であるゼブラリンとRG108は、DNAのメチル化を阻害し、GATCがDNAメチル化において正常な役割を果たせないような異常なメチル化の状況を作り出す。SGI-1027もDNAメチル化酵素を阻害し、GATCがその活性を依存するメチル化を減少させる。プロカインとヒドララジンは、特定のDNAメチル化酵素に特異的ではないが、DNA全体のメチル化を減少させ、GATCの機能的メチル化活性の低下につながる。エピガロカテキンガレートはDNAメチル化酵素をさらに阻害し、その結果、GATCの作用に必要なメチル化DNA基質を減少させることによって、GATCを阻害する。ジスルフィラムは、多くの酵素に不可欠な補酵素である銅をキレート化する能力があり、金属イオンを必要とするGATCの触媒活性を阻害する可能性がある。ミトラマイシンAはDNAのGCリッチ配列に優先的に結合し、GATCを含むタンパク質がDNA標的にアクセスするのを妨げ、活性を阻害する。最後に、シチジンのヌクレオシドアナログであるシタラビンはDNAに取り込まれ、DNAポリメラーゼを阻害する。このDNA複製の阻害は、GATCが通常活性を示すはずの複製フォークの正常な進行を妨げることによってGATCを阻害し、DNAメチル化に関与する能力を妨げる。
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