FBXO46は、タンパク質のリン酸化状態を調節することで、その機能を高める様々なメカニズムを採用している。フォルスコリンはアデニル酸シクラーゼを直接刺激し、細胞内のcAMPレベルを上昇させ、プロテインキナーゼA(PKA)の活性化につながる。PKAはFBXO46をリン酸化し、ユビキチン化活性を高める可能性がある。同様に、IBMXはホスホジエステラーゼを阻害することで、cAMPのレベルを上昇させ、PKA活性を維持し、間接的にFBXO46のリン酸化を促進する。PGE2もGタンパク質共役型受容体を介して作用し、cAMPレベルを上昇させ、PKAを活性化し、FBXO46をリン酸化する。アドレナリン作動薬であるエピネフリンとイソプロテレノールは、同様のcAMPを介した経路を引き起こし、PKAを活性化し、FBXO46をリン酸化の標的とする。
cAMPを介する経路では、他の活性化因子は異なるメカニズムで作用する。タンパク質合成を阻害するアニソマイシンは、JNKのようなストレス活性化タンパク質キナーゼを活性化し、FBXO46を直接リン酸化することができる。オカダ酸やカリクリンAは、タンパク質リン酸化酵素PP1やPP2Aの阻害剤として、タンパク質の脱リン酸化を阻害する。cAMPアナログであるジブチリル-cAMPは、細胞表面レセプターをバイパスしてPKAを直接活性化するため、FBXO46のリン酸化につながる可能性がある。ロリプラムとザプリナストは、それぞれPDE4とPDE5を特異的に阻害し、cAMPの蓄積とそれに続くPKAの活性化をもたらし、FBXO46をリン酸化する。最後に、安定なcAMPアナログであるSp-8-Br-cAMPSは、PKAを活性化し、FBXO46をリン酸化し、細胞のユビキチン化経路における活性を高めることができる。
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