Les inhibiteurs de RFPL4A ciblent principalement la voie ubiquitine-protéasome pour moduler indirectement l'activité de RFPL4A. Des composés tels que le MG132, la lactacystine, l'ixazomib et le bortézomib inhibent le protéasome, qui est responsable de la dégradation des protéines ubiquitinées. En réduisant cette dégradation, ces composés peuvent influencer l'activité ubiquitine ligase de RFPL4A, en supposant que RFPL4A fonctionne de la même manière que les autres membres de la famille RFP à cet égard.
D'autre part, PYR-41, MLN4924 et TAK-243 perturbent le processus d'ubiquitination à différentes étapes. PYR-41 et TAK-243 inhibent l'enzyme activatrice d'ubiquitine E1, l'étape initiale de l'ubiquitination. MLN4924 agit sur l'enzyme activatrice NEDD8, affectant les ligases culline-RING. Étant donné le rôle de RFPL4A dans la voie de l'ubiquitine, ces composés peuvent affecter sa fonction. En outre, des composés tels que Nutlin-3, Chloroquine, Thalidomide, RITA et PR-619 modulent le système d'ubiquitine soit en inhibant des interactions protéiques spécifiques, soit en affectant la dégradation lysosomale, soit en ciblant de manière générale les enzymes de désubiquitinisation. Le système d'ubiquitine étant complexe et interconnecté, toute perturbation de ce système peut influencer la fonction de la RFPL4A, en particulier si elle a une activité ubiquitine ligase.
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