Gli inibitori di RFPL4A mirano principalmente alla via dell'ubiquitina-proteasoma per modulare indirettamente l'attività di RFPL4A. Composti come MG132, lattacistina, ixazomib e bortezomib inibiscono il proteasoma, responsabile della degradazione delle proteine ubiquitinate. Riducendo questa degradazione, questi composti possono influenzare l'attività di ubiquitina ligasi di RFPL4A, supponendo che RFPL4A funzioni in modo simile ad altri membri della famiglia RFP in questo senso.
D'altra parte, PYR-41, MLN4924 e TAK-243 interrompono il processo di ubiquitinazione in fasi diverse. PYR-41 e TAK-243 inibiscono l'enzima attivatore dell'ubiquitina E1, la fase iniziale dell'ubiquitinazione. MLN4924 agisce sull'enzima attivatore NEDD8, influenzando le ligasi cullina-RING. Dato il ruolo di RFPL4A nella via dell'ubiquitina, questi composti possono influenzare la sua funzione. Inoltre, composti come Nutlin-3, clorochina, talidomide, RITA e PR-619 modulano il sistema dell'ubiquitina inibendo interazioni proteiche specifiche, influenzando la degradazione lisosomiale o colpendo in modo ampio gli enzimi deubiquitinanti. Poiché il sistema dell'ubiquitina è intricato e interconnesso, qualsiasi perturbazione in questo sistema può influenzare la funzione di RFPL4A, soprattutto se ha un'attività di ubiquitina ligasi.
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