Les inhibiteurs de POLR2E comprennent divers composés, dont beaucoup ciblent l'ARN polymérase II ou influencent les voies cellulaires associées, affectant ainsi indirectement la sous-unité POLR2E. L'α-Amanitine, réputée pour sa puissance, inhibe directement l'ARN polymérase II. Le mécanisme de l'actinomycine D implique l'intercalation de l'ADN, rendant impossible la progression de l'ARN polymérase II. Le triptolide, quant à lui, agit en se liant spécifiquement à la sous-unité XPB de la polymérase, bloquant ainsi sa fonction.
Plusieurs composés exercent une influence indirecte. Le DRB et le Flavopiridol interfèrent avec l'état de phosphorylation de l'ARN polymérase II, un processus vital pour la transcription. Le mécanisme de JQ1 est encore plus indirect, ciblant les bromodomaines BET qui jouent un rôle crucial dans la régulation de la transcription. Les effets du Pladienolide B, qui perturbe l'épissage des pré-ARNm, et du THZ1, qui cible la CDK7, se manifestent également sur l'ARN polymérase II. D'autres composés comme la cordycépine et le MLN4924 font intervenir un large éventail de mécanismes. Alors que la cordycépine provoque l'arrêt précoce de la transcription, le MLN4924 a un impact sur une variété de processus cellulaires. Les inhibiteurs de kinases comme le sorafenib et l'ibrutinib peuvent moduler la fonction de l'ARN polymérase II grâce à leur large impact cellulaire.
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