POLR2E-Inhibitoren umfassen verschiedene Verbindungen, von denen viele auf die RNA-Polymerase II abzielen oder damit verbundene zelluläre Signalwege beeinflussen und dadurch indirekt auf die POLR2E-Untereinheit einwirken. α-Amanitin, bekannt für seine Wirksamkeit, hemmt direkt die RNA-Polymerase II. Der Mechanismus von Actinomycin D beruht auf einer DNA-Interkalation, die den Fortgang der RNA-Polymerase II unmöglich macht. Triptolid hingegen bindet spezifisch an die XPB-Untereinheit der Polymerase und blockiert deren Funktion.
Mehrere Verbindungen üben ihren Einfluss indirekt aus. DRB und Flavopiridol greifen in den Phosphorylierungszustand der RNA-Polymerase II ein, ein für die Transkription wichtiger Prozess. Der Mechanismus von JQ1 ist sogar noch indirekter und zielt auf BET-Bromodomänen ab, die bei der Transkriptionsregulierung eine entscheidende Rolle spielen. Die Wirkungen von Pladienolid B, das das prä-mRNA-Spleißen stört, und THZ1, das auf CDK7 abzielt, zeigen sich ebenfalls an der RNA-Polymerase II. Andere Wirkstoffe wie Cordycepin und MLN4924 bringen eine Vielzahl von Mechanismen ein. Während Cordycepin eine frühe Beendigung der Transkription bewirkt, wirkt sich MLN4924 auf eine Vielzahl von zellulären Prozessen aus. Kinaseinhibitoren wie Sorafenib und Ibrutinib können die Funktion der RNA-Polymerase II durch ihre breit angelegten zellulären Wirkungen modulieren.
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