Les inhibiteurs chimiques de la FAPP2 peuvent exercer leurs effets inhibiteurs par le biais de divers mécanismes, chacun ciblant un aspect spécifique de la fonction de la protéine ou de l'environnement cellulaire dans lequel elle opère. La Brefeldine A, par exemple, perturbe la structure et la fonction de l'appareil de Golgi, un organite cellulaire crucial pour le rôle de la FAPP2 dans le trafic vésiculaire. Cette perturbation inhibe directement la capacité de la FAPP2 à faciliter le transport de marchandises entre les compartiments cellulaires. La monensine agit par un mécanisme différent, en modifiant le pH du Golgi et l'homéostasie des cations, ce qui est essentiel pour une glycosylation correcte, un processus de modification biochimique sur lequel repose la fonction de FAPP2. La tunicamycine cible également la voie de la glycosylation, mais en inhibant spécifiquement la glycosylation liée à l'azote, essentielle au bon repliement et à l'activité fonctionnelle de la FAPP2. Le rôle de la cérulénine dans l'inhibition de l'acide gras synthase affecte la synthèse des lipides, perturbant potentiellement la production de céramide, qui est un lipide avec lequel FAPP2 peut interagir, inhibant ainsi sa fonction.
Dans un autre ordre d'idées, la thapsigargin et l'ionomycine manipulent toutes deux les niveaux de calcium, un régulateur essentiel de nombreux processus cellulaires, y compris ceux qui impliquent la FAPP2. La thapsigargin épuise les réserves de calcium du réticulum endoplasmique (RE), ce qui affecte les activités dépendantes du calcium de la FAPP2 au niveau du Golgi, tandis que l'ionomycine augmente la concentration de calcium cytosolique, ce qui peut perturber les interactions régulées par le calcium impliquant la FAPP2. L'inhibition des tyrosines kinases par la génistéine peut affecter les états de phosphorylation qui régulent la fonction de la FAPP2, conduisant à son inhibition. Le GW4869 inhibe la sphingomyélinase neutre, ce qui entraîne des modifications des niveaux de sphingolipides, avec lesquels la FAPP2 est impliquée, inhibant ainsi sa fonction. L'inhibition de la farnésyltransférase Ras par la manumycine A peut affecter le transport vésiculaire, un processus nécessaire à la fonction de la FAPP2, tandis que le NF023, en inhibant le purinocepteur P2X, peut interférer avec la signalisation médiée par l'ATP sur laquelle la FAPP2 s'appuie. L'Endothall, en tant qu'inhibiteur de l'ATPase, perturbe les processus dépendant de l'ATP qui sont cruciaux pour la fonction de la FAPP2, et l'inhibition des récepteurs adrénergiques par le Propanolol peut affecter les voies de signalisation qui régulent l'activité de la FAPP2, inhibant ainsi la fonction de la protéine au sein du Golgi.
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