Les inhibiteurs de CD1E englobent une gamme de composés chimiques qui entravent la capacité de la protéine à présenter des antigènes lipidiques, ce qui est essentiel à son rôle dans la surveillance immunitaire. La staurosporine, grâce à sa large inhibition des kinases, entrave la phosphorylation des protéines vitales pour la maturation et le trafic intracellulaires de CD1E, ce qui diminue sa fonction de présentation d'antigènes. La Brefeldine A et la Monensine perturbent l'appareil de Golgi, où les modifications post-traductionnelles de CD1E sont cruciales, ce qui entraîne une altération du processus de maturation et une réduction conséquente de sa fonction. La chloroquine et le chlorure d'ammonium augmentent tous deux le pH des compartiments endosomaux et lysosomaux, une étape vitale pour le traitement enzymatique des antigènes lipidiques, conduisant finalement à une déficience dans la capacité de CD1E à présenter ces antigènes. L'U 18666A et la Filipine interfèrent respectivement avec le trafic du cholestérol et l'intégrité du radeau lipidique, ce qui compromet encore davantage l'efficacité de présentation des antigènes de CD1E en modifiant le trafic des vésicules et la composition de la membrane cellulaire qui sont essentiels à sa fonction.
De plus, la progestérone affecte indirectement CD1E en modulant l'environnement cytokinique, en modifiant l'équilibre de la réponse immunitaire et en réduisant potentiellement l'expression ou la fonction des molécules présentatrices d'antigènes. Le GW4869 cible la voie de la sphingomyéline-céramide, essentielle pour la formation et le trafic des vésicules, qui fait partie intégrante de la présentation d'antigènes lipidiques par CD1E. La 8-(4-Amino-1-méthylbutylamino)-6-méthoxyquinoléine perturbe l'énergétique cellulaire, altérant ainsi les processus dépendants de l'énergie qui sont cruciaux pour le traitement endosomal et lysosomal des antigènes de CD1E. L'inhibition des tyrosines kinases par la génistéine pourrait réduire les événements de phosphorylation nécessaires au trafic et à la fonction du CD1E, tandis que la perturbation de l'actine par la cytochalasine D pourrait entraver le transport intracellulaire et l'expression de surface du CD1E, diminuant encore ses capacités de présentation d'antigènes. Collectivement, ces inhibiteurs manifestent leurs effets en ciblant les voies biochimiques et cellulaires spécifiques dont dépend l'activité de CD1E, entraînant ainsi son inhibition fonctionnelle.
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