Les inhibiteurs chimiques de l'ADAT2 peuvent être choisis en fonction de leur capacité à perturber les processus cellulaires essentiels à la fonction de la protéine. Le bleu de méthylène, en inhibant l'oxyde nitrique synthase, peut diminuer les niveaux d'oxyde nitrique dans les cellules, ce qui à son tour peut affecter le métabolisme de l'ARN et inhiber indirectement le rôle de l'ADAT2 dans la modification de l'ARNt. L'acétate de plomb peut inhiber l'ADAT2 en se liant à ses ions métalliques essentiels, tandis que l'arsénite de sodium peut inhiber les enzymes comportant des résidus cystéine critiques qui, s'ils sont présents dans l'ADAT2, altéreraient sa fonction. La chloroquine modifie le pH des compartiments intracellulaires tels que les lysosomes, ce qui peut perturber le trafic ou la dégradation de l'ADAT2. La Brefeldine A cible le trafic des protéines entre le réticulum endoplasmique et le Golgi, et si l'ADAT2 a besoin de cette voie pour un repliement ou une maturation corrects, sa fonction serait compromise.
D'autre part, la 3-Méthyladénine inhibe l'autophagie, un processus qui pourrait dégrader l'ADAT2 dans certaines conditions, conduisant à l'accumulation de formes éventuellement non fonctionnelles de la protéine. Le MG132 bloque la dégradation protéasomique, une voie qui pourrait réguler le renouvellement de l'ADAT2, entraînant l'accumulation de protéines ADAT2 défectueuses. Des composés comme le cycloheximide et la puromycine interrompent la synthèse des protéines, ce qui empêcherait la reconstitution des niveaux d'ADAT2 dans la cellule, inhibant ainsi indirectement son activité. L'actinomycine D et l'α-Amanitine inhibent la synthèse de l'ARN, ce qui pourrait réduire la disponibilité des substrats de l'ARNt nécessaires aux fonctions de modification de l'ADAT2, limitant essentiellement son activité en la privant de ses substrats. Enfin, la camptothécine perturbe les processus de réplication de l'ADN, ce qui conduit à un environnement cellulaire moins propice à la synthèse des protéines, y compris la synthèse de l'ADAT2, diminuant ainsi la présence fonctionnelle de l'ADAT2 dans la cellule.
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