Los inhibidores químicos de la USE1 pueden impedir la función de la proteína actuando sobre varios mecanismos celulares implicados en el transporte vesicular. La alsterpaullona actúa inhibiendo el complejo CDK5/p25, una cinasa que afecta indirectamente al papel de la USE1 en las vías de señalización neuronal que supervisan el transporte vesicular a través de eventos de fosforilación. Del mismo modo, la roscovitina se dirige a las quinasas dependientes de ciclinas (CDK) que regulan el transporte intracelular, afectando así indirectamente a la función de USE1. Gö6976 ejerce su acción inhibiendo selectivamente las isoformas de la proteína cinasa C, que intervienen en la regulación del tráfico intracelular, incluidos los procesos de fusión vesicular y transporte que facilita USE1. Los efectos inhibidores de Wortmannin sobre las fosfoinositide 3-kinasas interrumpen la formación de vesículas, perjudicando el papel de USE1 en este proceso.
Al mismo tiempo, los agentes que alteran los componentes del citoesqueleto esenciales para el movimiento de las vesículas también inhiben funcionalmente la USE1. La latrunculina A se une a los monómeros de actina, impidiendo su polimerización, que es crucial para la motilidad de las vesículas. Y-27632 inhibe la proteína quinasa asociada a Rho, afectando a la organización del citoesqueleto de actina y, en consecuencia, al transporte de vesículas en el que participa USE1. ML-7, al inhibir la cinasa de cadena ligera de miosina, impide la activación de la miosina para el movimiento de vesículas, afectando así a la función de USE1. Compuestos como el nocodazol y la vinblastina interrumpen la dinámica de los microtúbulos, un componente crítico del andamiaje celular que soporta el tráfico vesicular en el que interviene USE1, ya que el nocodazol desensambla los microtúbulos y la vinblastina impide su ensamblaje. Por el contrario, el Taxol estabiliza los microtúbulos, lo que también puede afectar a la función de USE1 al impedir la reorganización dinámica de los microtúbulos necesaria para el transporte vesicular. Por último, la Brefeldina A y el Thapsigargin se dirigen a la función de los orgánulos y a la homeostasis del calcio, respectivamente, con la Brefeldina A perturbando el aparato de Golgi y el Thapsigargin inhibiendo la Ca2+-ATPasa del retículo sarco/endoplásmico, condiciones ambas que impiden el papel de USE1 en la fusión vesicular.
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