Los inhibidores químicos de la MPP4 pueden interferir en su actividad a través de diversos mecanismos moleculares. La clorizina, por ejemplo, obstaculiza la función de las proteínas transportadoras de sodio-glucosa, lo que provoca una disminución de la captación de glucosa. Dado que la MPP4 es una proteína asociada al metabolismo de los fotorreceptores que puede depender de la glucosa, una reducción de la disponibilidad de glucosa puede inhibir la actividad de la proteína. La uabaína actúa sobre la bomba Na+/K+-ATPasa, provocando un aumento de los niveles de sodio intracelular que altera el equilibrio iónico celular. Dado el posible vínculo de la MPP4 con el transporte de iones, las alteraciones de la homeostasis iónica pueden tener un efecto directo sobre su actividad. La brefeldina A altera el aparato de Golgi, impidiendo el tráfico de proteínas a la membrana celular. Como la MPP4 requiere el transporte a la membrana para funcionar correctamente, su actividad puede verse inhibida por la acción de la brefeldina A. Del mismo modo, la monensina, como ionóforo, altera los gradientes iónicos, lo que podría provocar una disminución de la función de la MPP4 si está relacionada con el mantenimiento de la homeostasis iónica.
Siguiendo con los mecanismos de inhibición, la citocalasina D y la latrunculina A alteran el citoesqueleto de actina, lo que podría comprometer la localización en membrana y la función de MPP4, dado que está asociada a membrana. La genisteína, que actúa como inhibidor de la tirosina cinasa, puede impedir la fosforilación de MPP4 si su función se ve modulada por dicha modificación postraduccional, lo que conduciría a una inhibición de su actividad. W-7, que es un antagonista de la calmodulina, puede inhibir la MPP4 obstruyendo los procesos reguladores dependientes de la calmodulina. Gö 6983, un inhibidor de la proteína cinasa C, impediría la actividad de MPP4 si su función está regulada por la fosforilación a través de esta cinasa. La colchicina, al unirse a la tubulina, inhibe la polimerización de los microtúbulos, que es esencial para el transporte celular, incluido el tráfico de MPP4 a su lugar de acción. Por último, la concanavalina A, que puede entrecruzar glicoproteínas, puede inhibir la MPP4 si su función depende de la interacción con glicoproteínas específicas, y la forskolina puede inducir una inhibición de la actividad de la MPP4 al promover su fosforilación a través de la proteína cinasa A, ya que aumenta los niveles de AMPc en las células.
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