Los inhibidores químicos de MAP3K6 pueden actuar a través de varios puntos dentro de la cascada de señalización MAPK para lograr la inhibición funcional. SP600125, un conocido inhibidor de JNK, se dirige a una cinasa corriente abajo en la vía MAPK de la que se alimenta MAP3K6. Al inhibir la JNK, el SP600125 interrumpe eficazmente el relé de señalización que normalmente resultaría de la activación de la MAP3K6, lo que llevaría al cese de los efectos aguas abajo que la MAP3K6 normalmente promovería. Del mismo modo, el PD98059 y el U0126 son inhibidores de la MEK, otra cinasa que actúa corriente abajo de la MAP3K6. Estos compuestos impiden que MEK active ERK, que es un actor clave en la vía MAPK. Esta interrupción en la cascada de señalización resulta en una inhibición funcional indirecta de MAP3K6, ya que se obstaculiza el flujo de la vía, impidiendo que MAP3K6 ejerza sus efectos biológicos normales.
Siguiendo la línea de la inhibición indirecta, compuestos como SB203580, BIRB 796 y LY2228820 se dirigen a la MAP quinasa p38, interrumpiendo la vía de señalización en un punto aguas abajo de MAP3K6. Al impedir la actividad de la MAPK p38, estos inhibidores anulan la influencia de la MAP3K6 en la respuesta al estrés y la producción de citocinas. Los inhibidores de la cinasa con un espectro más amplio, como el sorafenib, el sunitinib, el dasatinib, el gefitinib, el erlotinib y el lapatinib, pueden inhibir funcionalmente la MAP3K6 dirigiéndose a otras cinasas y receptores que forman parte de la vía MAPK o interactúan con ella. Por ejemplo, la actividad de sorafenib contra las quinasas Raf y el impacto de sunitinib sobre las tirosina quinasas receptoras pueden provocar una disminución de la actividad de MAP3K6 debido a que estas quinasas son reguladoras de la vía MAPK. La inhibición de las cinasas de la familia Src por el dasatinib y la inhibición del EGFR por el gefitinib, el erlotinib y el lapatinib provocan una atenuación de la señalización que normalmente activaría la MAP3K6, inhibiendo así funcionalmente la proteína al impedir su respuesta celular habitual.
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