Chemische Hemmstoffe von TMEM33 können auf verschiedene zelluläre Prozesse abzielen, um eine funktionelle Hemmung zu erreichen. Alsterpaullon kann durch Hemmung der Cyclin-abhängigen Kinasen den Phosphorylierungsstatus von TMEM33 verringern, der für die Funktion des Proteins wesentlich ist. Thapsigargin stört die Kalziumhomöostase durch Hemmung der sarko-endoplasmatischen Retikulum-Ca2+-ATPase (SERCA), und da TMEM33 an der Kalzium-Signalübertragung innerhalb der Zelle beteiligt ist, kann sich eine solche Störung direkt auf die Aktivität von TMEM33 auswirken. In ähnlicher Weise blockiert Tunicamycin die N-gebundene Glykosylierung, eine posttranslationale Modifikation, die TMEM33 für seine ordnungsgemäße Funktion benötigen könnte, was zu seiner Hemmung führt. Brefeldin A und Monensin stören die Funktion des Golgi-Apparats bzw. die lysosomale Ansäuerung, die für die Verarbeitung und den Transport von TMEM33 von entscheidender Bedeutung sind, so dass ihr Vorhandensein TMEM33 daran hindern kann, seinen funktionalen zellulären Standort zu erreichen, was zu seiner Hemmung führt.
Weiter unten im zellulären Stoffwechselweg reduzieren Oligomycin und 2-Deoxy-D-Glucose den zellulären ATP-Spiegel, indem sie die ATP-Synthase bzw. die Glykolyse hemmen. Da ATP die Energiewährung für verschiedene zelluläre Funktionen ist, kann ein ATP-Rückgang energieabhängige Prozesse hemmen, darunter auch solche, an denen TMEM33 beteiligt ist. Der mitochondriale Komplex-I-Inhibitor Rotenon bewirkt in ähnlicher Weise eine Verringerung der ATP-Produktion, die TMEM33 hemmen kann, wenn seine Funktion ATP-abhängig ist. Concanamycin A kann durch Hemmung der V-ATPase-Protonenpumpe die endosomale Ansäuerung stören, was möglicherweise die endosomale Sortierung und den Transport von TMEM33 beeinträchtigt und zu seiner funktionellen Hemmung führt. Die proteasomale Hemmung durch MG-132 kann zu einer Anhäufung fehlgefalteter TMEM33-Proteine führen, was eine Hemmung seiner Funktion zur Folge hat. Cycloheximid stoppt die Proteinsynthese, wodurch die Synthese von TMEM33 gänzlich verhindert wird. Schließlich hemmt Camptothecin die DNA-Topoisomerase I, was zu DNA-Schäden und einem Stillstand des Zellzyklus führen kann, Prozesse, die, wenn sie gestört werden, zur Hemmung der Funktion von TMEM33 führen können.
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