Os inibidores químicos da TMEM33 podem ter como alvo vários processos celulares para conseguir uma inibição funcional. A alsterpaulona, ao inibir as cinases dependentes da ciclina, pode reduzir o estado de fosforilação do TMEM33, que é essencial para a função da proteína. A tapsigargina perturba a homeostase do cálcio ao inibir a Ca2+-ATPase do retículo sarco/endoplasmático (SERCA) e, uma vez que a TMEM33 está envolvida na sinalização do cálcio no interior da célula, essa perturbação pode afetar diretamente a atividade da TMEM33. Do mesmo modo, a tunicamicina bloqueia a glicosilação ligada à N, uma modificação pós-traducional que o TMEM33 pode necessitar para funcionar corretamente, levando à sua inibição. A brefeldina A e a monensina perturbam a função do aparelho de Golgi e a acidificação lisossomal, respetivamente, que são fundamentais para o processamento e o tráfico do TMEM33, pelo que a sua presença pode impedir que o TMEM33 atinja a sua localização celular funcional, inibindo-o efetivamente.
Mais abaixo na via metabólica celular, a Oligomicina e a 2-Deoxi-D-glicose reduzem os níveis celulares de ATP através da inibição da ATP sintase e da glicólise, respetivamente. Uma vez que o ATP é a moeda energética para várias funções celulares, uma diminuição do ATP pode inibir os processos dependentes de energia, incluindo os que envolvem o TMEM33. O inibidor do Complexo I mitocondrial, a Rotenona, provoca de forma semelhante uma redução da produção de ATP, que pode inibir o TMEM33 se a sua função depender do ATP. A concanamicina A, ao inibir a bomba de protões V-ATPase, pode perturbar a acidificação endossomal, afectando potencialmente a triagem endossomal e o tráfico do TMEM33, levando à sua inibição funcional. A inibição proteasomal por MG-132 pode levar a uma acumulação de proteínas TMEM33 mal dobradas, resultando na inibição da sua função. A cicloheximida interrompe a síntese proteica, o que impediria totalmente a síntese do TMEM33. Por último, a camptotecina inibe a topoisomerase I do ADN, o que pode causar danos no ADN e a paragem do ciclo celular, processos que, quando interrompidos, podem levar à inibição da função do TMEM33.
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