RFPL4A-Inhibitoren greifen in erster Linie in den Ubiquitin-Proteasom-Stoffwechselweg ein, um die Aktivität von RFPL4A indirekt zu modulieren. Wirkstoffe wie MG132, Lactacystin, Ixazomib und Bortezomib hemmen das Proteasom, das für den Abbau von ubiquitinierten Proteinen verantwortlich ist. Durch die Verringerung dieses Abbaus können diese Verbindungen die Ubiquitin-Ligase-Aktivität von RFPL4A beeinflussen, wobei davon ausgegangen wird, dass RFPL4A in dieser Hinsicht ähnlich funktioniert wie andere Mitglieder der RFP-Familie.
Andererseits unterbrechen PYR-41, MLN4924 und TAK-243 den Ubiquitinierungsprozess in verschiedenen Schritten. PYR-41 und TAK-243 hemmen das Ubiquitin-aktivierende Enzym E1, den ersten Schritt der Ubiquitinierung. MLN4924 wirkt auf das NEDD8-aktivierende Enzym und beeinflusst die Cullin-RING-Ligasen. Angesichts der Rolle von RFPL4A im Ubiquitin-Weg können diese Verbindungen seine Funktion beeinträchtigen. Darüber hinaus modulieren Wirkstoffe wie Nutlin-3, Chloroquin, Thalidomid, RITA und PR-619 das Ubiquitin-System entweder durch Hemmung spezifischer Proteininteraktionen, durch Beeinflussung des lysosomalen Abbaus oder durch eine breit angelegte Beeinflussung deubiquitinierender Enzyme. Da das Ubiquitin-System kompliziert und miteinander verbunden ist, kann jede Störung in diesem System die Funktion von RFPL4A beeinflussen, insbesondere wenn es eine Ubiquitin-Ligase-Aktivität hat.
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