La categoria degli attivatori di ZNF688 comprende sostanze chimiche che possono amplificare direttamente o indirettamente le attività o l'espressione di ZNF688. Ad esempio, il cloruro di zinco fornisce gli ioni di zinco necessari per l'integrità strutturale dei motivi a dito di zinco della proteina, migliorando così la sua capacità di legare il DNA. D'altra parte, la tricostatina A e il sodio butirrato sono inibitori dell'istone deacetilasi in grado di modificare la struttura della cromatina, facilitando l'accesso del macchinario di trascrizione al gene ZNF688. Questi cambiamenti portano a un aumento del livello di espressione di ZNF688 e, di conseguenza, a un incremento delle sue azioni repressive sulla trascrizione RNA polimerasi II-dipendente.
Sostanze chimiche come la forskolina e l'IBMX influenzano i livelli cellulari di cAMP, un secondo messaggero che attiva la proteina chinasi A (PKA). La PKA può fosforilare una serie di bersagli, compresi i fattori di trascrizione che possono essere coinvolti nella regolazione dell'espressione di ZNF688. Altre sostanze chimiche come l'estradiolo, la curcumina e la genisteina agiscono modulando le vie di segnalazione che si intersecano con il meccanismo trascrizionale. Questi composti possono determinare il reclutamento o l'attivazione di corepressori o altri fattori che ZNF688 richiede per la sua funzionalità, attivando così indirettamente ZNF688.
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