Os inibidores químicos do ZNF396 funcionam através de várias vias moleculares para modular a sua atividade. O LY294002 e a Wortmannin são ambos inibidores da via de sinalização PI3K/Akt. O LY294002 é uma molécula potente que pode perturbar a função normal das fosfoinositídeo 3-quinases, que estão diretamente envolvidas na via de sinalização Akt que pode regular a atividade de numerosos factores de transcrição, incluindo o ZNF396. Ao inibir a PI3K, o LY294002 provoca uma diminuição da atividade da Akt, o que pode levar a uma redução da atividade funcional do ZNF396. Do mesmo modo, a Wortmannin, como inibidor covalente da PI3K, pode levar a uma regulação negativa da via de sinalização da Akt, o que pode resultar numa diminuição da atividade funcional do ZNF396.
Outros produtos químicos actuam em diferentes cascatas de sinalização que podem influenciar a função do ZNF396. O PD98059 e o U0126 têm como alvo a via MAPK/ERK, inibindo a MEK, que é fundamental para a ativação da ERK. A perturbação desta via pode resultar na redução da ativação funcional de muitos factores de transcrição, incluindo o ZNF396. O SP600125 pode inibir as c-Jun N-terminal kinases (JNK), parte das vias da proteína quinase activada pelo stress que regulam os factores de transcrição, o que pode impedir a fosforilação e a ativação do ZNF396. O SB203580 inibe especificamente a p38 MAPK, outra via que pode regular a atividade dos factores de transcrição. A inibição pelo SB203580 pode assim afetar a atividade funcional do ZNF396. A rapamicina, um inibidor da mTOR, pode suprimir a atividade das proteínas reguladas por esta via de sinalização chave, que inclui o ZNF396. O MG132 tem como alvo o sistema ubiquitina-proteassoma, levando à acumulação de proteínas ubiquitinadas, e pode inibir a função dos factores de transcrição ao impedir a sua degradação. O SN-38, ao inibir a topoisomerase I, pode inibir indiretamente a função do ZNF396 ao afetar a maquinaria de transcrição. O ICG-001 interrompe a interação dos factores de transcrição com a proteína de ligação ao CREB (CBP), o que pode inibir a atividade do ZNF396. Por último, a queleritrina e o GF109203X actuam como inibidores da proteína quinase C (PKC), levando à redução da fosforilação e da atividade funcional dos factores de transcrição, incluindo o ZNF396.
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