ZKSCAN2の化学的阻害剤は、主にシグナル伝達経路の破壊とクロマチン構造の改変を通して、その機能に影響を与えることができ、これらは転写調節におけるZKSCAN2の役割に不可欠である。PD98059やU0126などのMEK阻害剤は、ZKSCAN2が相互作用したり依存したりする転写因子の制御に重要なMEK-ERK経路を阻害することができる。同様に、PI3K阻害剤LY294002とWortmanninは、Akt経路の活性化を低下させ、転写因子活性の低下をもたらし、ZKSCAN2の機能を阻害する。JNK阻害剤SP600125は、転写因子の調節やクロマチンリモデリングにも関与するJNKシグナル伝達を阻害し、これらはすべてZKSCAN2の機能にとって重要である。SB203580は、ストレス応答シグナル伝達と転写因子調節におけるもう一つの重要な担い手であるp38 MAPキナーゼを標的としており、その阻害はZKSCAN2の転写調節能力を破壊する可能性がある。
シグナル伝達阻害剤に加えて、クロマチン状態を直接変化させる化合物もZKSCAN2の阻害に関与している。HDAC阻害剤であるトリコスタチンAとアピシジンは、いずれもヒストンの過剰アセチル化を引き起こし、クロマチン構造に影響を与え、ZKSCAN2と転写標的との結合を阻害する可能性がある。5-アザシチジンは、DNAメチル化酵素を阻害することによってDNAのメチル化を低下させ、転写因子の結合部位を変化させ、ZKSCAN2の遺伝子発現制御能力に悪影響を及ぼす可能性がある。mTOR阻害剤であるラパマイシンは、成長シグナル経路に影響を与えることで転写プロセスを変化させる可能性があり、ZKSCAN2の調節機能に下流で影響を及ぼす。スタウロスポリンの幅広いキナーゼ阻害作用は、転写制御に関与するタンパク質のリン酸化を低下させ、ZKSCAN2を間接的に阻害する。最後に、KN-93によるCaMKIIの阻害は、ZKSCAN2の機能に必要な転写因子の活性化を損なう可能性がある。
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