Gli inibitori chimici di WIPI-4 agiscono attraverso vari meccanismi per interrompere il processo autofagico in diverse fasi, influenzando la funzione di WIPI-4, che svolge un ruolo critico nella formazione degli autofagosomi. Wortmannina, 3-metiladenina, LY294002 e SAR405 inibiscono direttamente le fosfoinositide 3-chinasi (PI3K), essenziali per l'avvio dell'autofagia. L'inibizione delle PI3K impedisce la formazione di PI3P, un fosfolipide che recluta WIPI-4 nel sito di formazione dell'autofagosoma. Senza la funzione di reclutamento e localizzazione di WIPI-4, l'avvio e la nucleazione degli autofagosomi sono compromessi. Allo stesso modo, Spautin-1 interrompe l'autofagia promuovendo la degradazione dei complessi PI3K di classe III, impedendo ulteriormente l'attivazione di WIPI-4.
Inibitori secondari come la bafilomicina A1, la concanamicina A, la clorochina, l'idrossiclorochina e il Lys05 influenzano la funzione di WIPI-4 interrompendo le fasi successive dell'autofagia, in particolare la maturazione degli autofagosomi e la fusione con i lisosomi. Bafilomicina A1 e Concanamicina A inibiscono la V-ATPasi responsabile dell'acidificazione dell'autofagosoma, una fase critica per la degradazione dei contenuti autofagosomici, necessaria per il processo di riciclaggio in cui è coinvolto WIPI-4. La clorochina e l'idrossiclorochina inibiscono la fusione tra autofagosomi e lisosomi, portando all'accumulo di vacuoli autofagici non digeriti, che inibiscono indirettamente WIPI-4 impedendo il completamento del ciclo autofagico. Anche Lys05, un derivato più potente della clorochina, inibisce la fusione autofagosoma-lisosoma, portando a risultati simili a quelli della clorochina e dell'idrossiclorochina. Infine, Torin 1 e MHY1485 influenzano WIPI-4 disregolando l'equilibrio dell'autofagia. Torin 1, un inibitore di mTOR, induce l'autofagia e potrebbe portare a un'eccessiva formazione di autofagosomi, mentre MHY1485, un attivatore di mTOR, interrompe il normale ciclo e turnover degli autofagosomi. Entrambe le perturbazioni possono interrompere l'attività funzionale di WIPI-4, che è finemente sintonizzata sul flusso autofagico all'interno della cellula.
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