Los inhibidores de la UBAP2 engloban una colección de sustancias químicas que afectan principalmente al sistema ubiquitina-proteasoma (SAI) o a procesos celulares relacionados en los que podría estar implicada la UBAP2. Los inhibidores del proteasoma, incluidos MG-132, Lactacistina, Bortezomib, MLN2238 y Withaferina A, se dirigen a las actividades proteolíticas del proteasoma. Al afectar al SAI, estos inhibidores pueden influir indirectamente en las funciones de proteínas como UBAP2, asociadas a los procesos de ubiquitinación. Además, hay sustancias químicas como la eeyarestatina I y la spautina-1 que se dirigen a otros componentes del SAI, como la degradación de proteínas asociada al retículo endoplásmico (ERAD) y las proteasas específicas de la ubiquitina, respectivamente. Estos agentes refuerzan aún más la para influir en la función de UBAP2 dentro del SAI.
Por otro lado, agentes como la cloroquina, la 3-metiladenina, el NH4Cl y la concanamicina A influyen en la función lisosomal o en las vías asociadas. Dada la implicación de UBAP2 en el tráfico de endosoma a lisosoma, estos compuestos podrían modular indirectamente la funcionalidad de la proteína. En particular, la cloroquina y el NH4Cl afectan a la acidificación lisosomal, que es un aspecto crítico del tráfico de endosoma a lisosoma.
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