Gli inibitori chimici di SMAP1L possono influenzare la sua funzione colpendo vari processi cellulari che sono cruciali per il suo ruolo nel traffico di membrana e nell'organizzazione citoscheletrica. La wortmannina, ad esempio, inibisce le fosfoinositide 3-chinasi, che sono regolatori a monte delle vie di segnalazione su cui SMAP1L si basa per il corretto funzionamento. Questa inibizione può impedire l'attivazione dei segnali a valle necessari per il coinvolgimento di SMAP1L nella deformazione della membrana e nella riorganizzazione citoscheletrica. Analogamente, PIK-93 ha come bersaglio la fosfatidilinositolo 4-chinasi, interrompendo la segnalazione dei lipidi che è vitale per la formazione e il traffico delle vescicole, processi in cui SMAP1L è attivamente coinvolto. La citocalasina D e la latrunculina A interrompono entrambe la polimerizzazione dell'actina: la prima tappando le estremità dei filamenti e la seconda sequestrando i monomeri di actina. Poiché la funzione di SMAP1L è legata al citoscheletro di actina, la prevenzione della formazione delle fibre di actina può inibire la capacità di SMAP1L di partecipare a eventi di traffico di membrana.
D'altra parte, ML141 inibisce la GTPasi Cdc42, una proteina che regola l'assemblaggio dei filamenti di actina e la morfologia cellulare. Inibendo Cdc42, ML141 può ostacolare i riarrangiamenti citoscheletrici necessari per il ruolo di SMAP1L nella formazione delle vescicole. Dynasore interrompe la funzione della dinamina, una GTPasi essenziale per la scissione delle vescicole rivestite di clatrina durante l'endocitosi, una via a cui SMAP1L è associato. La jasplakinolide, invece, stabilizza i filamenti di actina, impedendone lo smontaggio, il che può immobilizzare la struttura dinamica del citoscheletro di actina e quindi inibire i processi di traffico dipendenti da SMAP1L. Anche i composti mirati ai microtubuli, come il paclitaxel e il nocodazolo, influenzano la funzione di SMAP1L, ma attraverso meccanismi diversi: il paclitaxel stabilizza i microtubuli, mentre il nocodazolo ne provoca la depolimerizzazione, entrambi in grado di interrompere la dinamica dei microtubuli con cui SMAP1L potrebbe coordinarsi durante il traffico di membrana. Infine, Gö6976 inibisce le isoforme della protein chinasi C che partecipano alle vie di segnalazione che influenzano l'organizzazione citoscheletrica e che, a loro volta, possono influenzare la funzione di SMAP1L legata alle dinamiche di membrana.
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