Os inibidores químicos de Scratch1 podem atuar através de várias vias para conseguir uma inibição funcional. A ciclopamina e o Jervine têm como alvo a via de sinalização Hedgehog (Hh), que é essencial para a regulação da transcrição de genes durante a diferenciação neuronal, um processo em que o Scratch1 desempenha um papel importante. Estes inibidores ligam-se ao recetor Smoothened (SMO), reduzindo a sinalização da via Hh e inibindo assim a atividade transcricional dependente de Scratch1. O GANT61, ao visar diretamente os factores de transcrição GLI - os efectores terminais da via Hedgehog - suprime a indução da expressão do gene alvo, inibindo assim o Scratch1. Do mesmo modo, a Robotnikinin liga-se ao Sonic Hedgehog (Shh), bloqueando a sua interação com o PTCH1 e, consequentemente, interrompendo a sinalização a jusante que ativa o Scratch1.
Noutra frente, inibidores como a Curcumina, PKF118-310, IWP-2, XAV-939, LGK-974 e PNU-74654 interferem com a via de sinalização Wnt, que tem sido implicada na regulação de processos que envolvem Scratch1. A curcumina inibe a atividade transcricional da β-catenina, que é um componente da sinalização Wnt provavelmente envolvido na regulação do Scratch1. O PKF118-310 actua como um antagonista da β-catenina/Tcf-4, suprimindo a atividade transcricional do Scratch1. O IWP-2 inibe a produção de Wnt bloqueando a Porcupine, o que leva a uma redução da sinalização Wnt e subsequente diminuição da atividade de Scratch1. O XAV-939 e o LGK-974 inibem de forma semelhante a sinalização Wnt através da estabilização da Axin e da prevenção da secreção de ligandos Wnt, respetivamente, conduzindo a uma diminuição da atividade do Scratch1. O PNU-74654 interrompe a interação entre a β-catenina e o TCF, enquanto o FH535, um inibidor duplo, afecta não só a sinalização da β-catenina/Tcf, mas também a sinalização do recetor ativado por proliferador de peroxissoma (PPAR), conduzindo coletivamente a uma diminuição da atividade transcricional do Scratch1, inibindo eficazmente a sua função.
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