Gli inibitori chimici di Scratch1 possono agire attraverso diverse vie per ottenere un'inibizione funzionale. La ciclopamina e la jervina agiscono sulla via di segnalazione Hedgehog (Hh), essenziale per la regolazione della trascrizione genica durante il differenziamento neuronale, un processo in cui Scratch1 svolge un ruolo importante. Questi inibitori si legano al recettore Smoothened (SMO), riducendo la segnalazione della via Hh e quindi inibendo l'attività trascrizionale dipendente da Scratch1. GANT61, prendendo di mira direttamente i fattori di trascrizione GLI, gli effettori terminali della via Hedgehog, sopprime l'induzione dell'espressione dei geni bersaglio, inibendo così Scratch1. Allo stesso modo, la robotnikinina si lega a Sonic Hedgehog (Shh), bloccando la sua interazione con PTCH1 e di conseguenza interrompendo la segnalazione a valle che attiva Scratch1.
Su un altro fronte, inibitori come la curcumina, PKF118-310, IWP-2, XAV-939, LGK-974 e PNU-74654 interferiscono con la via di segnalazione Wnt, che è stata implicata nella regolazione dei processi che coinvolgono Scratch1. La curcumina inibisce l'attività trascrizionale della β-catenina, che è un componente della segnalazione Wnt probabilmente coinvolto nella regolazione di Scratch1. PKF118-310 agisce come antagonista della β-catenina/Tcf-4, sopprimendo l'attività trascrizionale di Scratch1. IWP-2 inibisce la produzione di Wnt bloccando Porcupina, con conseguente riduzione del segnale Wnt e conseguente diminuzione dell'attività di Scratch1. XAV-939 e LGK-974 inibiscono analogamente la segnalazione Wnt attraverso la stabilizzazione di Axin e la prevenzione della secrezione di ligandi Wnt, rispettivamente, con conseguente riduzione dell'attività di Scratch1. PNU-74654 interrompe l'interazione tra β-catenina e TCF, mentre FH535, un doppio inibitore, non solo influisce sulla segnalazione di β-catenina/Tcf, ma anche su quella del recettore attivato dal proliferatore del perossisoma (PPAR), portando collettivamente a una diminuzione dell'attività trascrizionale di Scratch1, inibendone di fatto la funzione.
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