RPUSD3阻害剤は、特にミトコンドリア内でのRNA修飾に必須なタンパク質であるRPUSD3の機能的活性を間接的に低下させる化学物質のスペクトルを包含する。ジクロロ酢酸やラパマイシンのような化合物は、それぞれ代謝経路やmTORシグナル伝達経路を通じて作用し、RPUSD3のRNA修飾機能の必要性を低下させる可能性がある。ジクロロ酢酸は、ピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼを阻害することにより、細胞代謝をミトコンドリア活性の亢進へとシフトさせ、間接的にRPUSD3に基質競合を課す可能性がある。 ラパマイシンは、FKBP12との相互作用とそれに続くmTORの阻害により、タンパク質合成を抑制し、間接的にRPUSD3が介在するtRNA修飾の必要性が減少することを示唆している。5-フルオロウラシルは、ヌクレオチドアナログに代謝されることにより、RNAプロセシングを阻害し、RPUSD3の酵素活性に対する要求を低下させる可能性がある。クロロキンとアクチノマイシンDは、それぞれの核酸インターカレーションとRNAポリメラーゼ阻害により、RPUSD3を含むRNAプロセシング酵素の必要性を低下させる可能性がある。
さらに、α-アマニチン、ミコフェノール酸、シクロヘキシミド、ピューロマイシンのような薬剤は、RNAとタンパク質合成の様々な段階を破壊し、間接的にRPUSD3に依存するRNA修飾過程の負荷の減少を示唆している。 α-アマニチンはRNAポリメラーゼIIを標的とし、ミコフェノール酸はグアニンヌクレオチドを枯渇させることにより、RNAターンオーバーの低下によるRPUSD3活性の低下に波及する効果を発揮する。シクロヘキシミドとピューロマイシンはタンパク質合成の阻害剤として作用するが、これはtRNA修飾におけるRPUSD3の関与の必要性が低くなることと関連する可能性がある。さらに、チュニカマイシン、アニソマイシン、エメチンは、グリコシル化とペプチド結合形成を阻害するというそれぞれのメカニズムを通して、全体的なタンパク質の恒常性と生合成に影響を与え、効率的な細胞機能に必要な修飾RNA分子の需要の減少につながる可能性があることから、間接的にRPUSD3の機能的活性の低下を示唆しているのかもしれない。まとめると、これらの阻害剤は様々な生化学的・細胞学的経路に影響を与えることで、タンパク質自体に直接結合したり変化したりすることなく、RPUSD3の潜在的な活性低下に寄与している。
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