Los inhibidores químicos de RIM-BP2 pueden ejercer sus efectos inhibidores a través de varios mecanismos que implican la alteración de la dinámica del citoesqueleto y el tráfico de vesículas, ambos esenciales para la función de RIM-BP2 en la liberación de vesículas sinápticas. La faloidina, por ejemplo, se une a los filamentos de actina y los estabiliza, impidiendo su remodelación, de la que depende RIM-BP2 para modular la actividad sináptica. Del mismo modo, la latrunculina A secuestra los monómeros de actina, y la citochalasina D se une a los extremos con púas de los filamentos de actina, lo que conduce a una desestabilización del citoesqueleto de actina que utiliza RIM-BP2. Jasplakinolide también estabiliza los filamentos de actina, pero lo hace de una manera que los bloquea en un estado incompatible con la movilización de vesículas sinápticas que RIM-BP2 apoya.
Además, la blebbistatina y el ML-7 se dirigen a la miosina II y a la cadena ligera de miosina quinasa (MLCK), respectivamente, ambas son componentes clave en los sistemas contráctiles que contribuyen al movimiento de vesículas, que es un proceso al que se ha asociado RIM-BP2. La inhibición por Y-27632 de la proteína cinasa asociada a Rho (ROCK) puede provocar cambios en la regulación de la actina que perjudiquen indirectamente las funciones sinápticas asociadas a RIM-BP2. La wiskostatina y la CK-636 inhiben componentes de la maquinaria de polimerización de actina, la wiskostatina inhibe el complejo N-WASP-Arp2/3 y la CK-636 se dirige específicamente al complejo Arp2/3, lo que podría impedir las actividades de RIM-BP2 relacionadas con la actina. Del mismo modo, SMIFH2, al inhibir la formación de filamentos de actina mediada por formina, puede alterar la arquitectura de actina necesaria para la función de RIM-BP2. Por último, los agentes Nocodazole y Colchicine, dirigidos a los microtúbulos, pueden inhibir RIM-BP2 al interferir con los sistemas de transporte basados en microtúbulos, que son esenciales para el posicionamiento y las capacidades operativas de RIM-BP2 en las uniones sinápticas.
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