Os inibidores químicos do pré-TCRα podem perturbar a sua função através de vários mecanismos, incidindo em diferentes aspectos da sinalização e do desenvolvimento do recetor de células T. A ciclosporina A e a Ascomicina, por exemplo, têm como alvo a calcineurina, uma fosfatase essencial para a ativação de factores nucleares que ligam os genes necessários para a ativação das células T. Ao inibir a calcineurina, estes produtos químicos impedem efetivamente a sinalização a jusante necessária para o papel do pré-TCRα na maturação das células T. Do mesmo modo, o FK506 (tacrolimus) forma um complexo com o FKBP12 que inibe a calcineurina, interrompendo assim o processo de ativação das células T no qual o pré-TCRα está envolvido. A rapamicina, através da sua interação com o FKBP12, inibe a mTOR, uma quinase que é central para o crescimento e proliferação celular, diminuindo assim indiretamente as capacidades funcionais do Pré-TCRα ao afetar o ambiente celular em que este funciona.
Além disso, o Dasatinib, um inibidor da tirosina quinase de largo espetro, tem como alvo cinases como a Lck e a Fyn, que são cruciais para iniciar as cascatas de sinalização do TCR. Ao limitar a atividade destas cinases, o Dasatinib suprime indiretamente a função do pré-TCRα. Do mesmo modo, o PP2, um inibidor da quinase da família Src, impede os primeiros eventos de sinalização em que o Pré-TCRα participa, ilustrando ainda mais a forma como a inibição da quinase direccionada pode influenciar a atividade do Pré-TCRα. Os inibidores da PKC, como a queleritrina e o Gö 6983, interrompem a função das enzimas necessárias para a propagação dos sinais do complexo TCR; esta perturbação estende-se à atividade do pré-TCRα. Os inibidores da PI3K, nomeadamente o LY294002 e a Wortmannin, obstruem a cascata de sinalização PI3K, essencial para as funções mediadas pelo TCR, inibindo assim indiretamente o Pré-TCRα. Por último, o PD98059, um inibidor da MEK, afecta a via MAPK/ERK, que é activada após o envolvimento do TCR, suprimindo as vias de transdução de sinal cruciais para a utilidade funcional do Pré-TCRα no desenvolvimento das células T.
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