Os inibidores químicos da Ppat incluem uma variedade de compostos que visam diferentes aspectos da biossíntese e do metabolismo dos nucleótidos, reduzindo assim indiretamente a atividade funcional da Ppat. O metotrexato, um conhecido inibidor da dihidrofolato redutase, leva à diminuição dos níveis de nucleótidos de purina, que são substratos cruciais para a atividade da Ppat na síntese de ácidos nucleicos. Do mesmo modo, o ácido micofenólico e a ribavirina inibem a inosina monofosfato desidrogenase, uma enzima essencial para a produção de nucleótidos de guanina, diminuindo assim a disponibilidade de substratos para a ação da Ppat. A clofarabina e a fludarabina têm como alvo a ribonucleótido redutase, uma enzima responsável pela redução dos ribonucleótidos a desoxinucleótidos, que são essenciais para a síntese do ADN e para os mecanismos de reparação em que a Ppat está envolvida. A cladribina e a hidroxiureia também inibem a ribonucleótido redutase, mas através de interacções moleculares diferentes, mas convergem no resultado da redução dos pools de trifosfato de desoxinucleótidos, afectando indiretamente a atividade da Ppat.
A substância química tiazofurina reduz os níveis de NAD, uma coenzima necessária para muitas reacções enzimáticas, incluindo aquelas em que a Ppat participa, inibindo assim indiretamente a enzima. Os análogos das purinas, como a 6-Mercaptopurina e a 6-Thioguanina, são incorporados nos ácidos nucleicos e perturbam o metabolismo das purinas, o que, por sua vez, reduz a atividade da Ppat ao limitar a disponibilidade dos seus substratos. O aciclovir, uma vez fosforilado na sua forma ativa de trifosfato, inibe a ADN polimerase, levando à redução dos pools de nucleótidos e, consequentemente, da atividade da Ppat devido à escassez de substratos. Por último, a gemcitabina, outro análogo de nucleósido, inibe a ribonucleótido redutase, diminuindo assim as reservas de nucleótidos necessárias para que a Ppat funcione eficazmente na biossíntese de ácidos nucleicos. Cada uma destas substâncias químicas, através das suas interacções bioquímicas distintas, converge para um resultado comum de redução dos níveis e da disponibilidade de nucleótidos, que é essencial para a atividade da Ppat, resultando, em última análise, na sua inibição funcional.
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