Los inhibidores de la PP2B-Aα comprenden una gama diversa de compuestos que influyen indirectamente en la actividad de la PP2B-Aα, principalmente a través de la modulación de la señalización del calcio y las interacciones con la calmodulina, que son cruciales para la activación de la calcineurina. Estos inhibidores no se dirigen directamente a la PP2B-Aα, sino que ejercen sus efectos en procesos celulares y vías de señalización relacionados. Los compuestos como la ciclosporina A y el FK506 (tacrolimus) son ejemplos clásicos de inhibidores indirectos de la PP2B-Aα. Funcionan formando complejos con inmunofilinas (ciclofilina y FKBP12, respectivamente), que luego inhiben la calcineurina. Esta inhibición bloquea eficazmente la actividad fosfatasa de la PP2B-Aα. Del mismo modo, la trifluoperazina y el clorhidrato de W-7, como antagonistas de la calmodulina, interrumpen el mecanismo de activación de la calcineurina por la calmodulina, inhibiendo así indirectamente la PP2B-Aα.
Además, los bloqueantes de los canales de calcio, como el verapamilo, el nifedipino, el diltiazem y el amlodipino, inhiben indirectamente la PP2B-Aα al reducir la afluencia de calcio. El calcio es un activador crítico de la calcineurina, y la reducción de los niveles de calcio intracelular puede inhibir en consecuencia las actividades de desfosforilación de la PP2B-Aα mediadas por la calcineurina. La fenilefrina, al modular la señalización del calcio a través de los receptores adrenérgicos alfa-1, y el cloruro de litio, a través de sus efectos sobre múltiples vías de señalización, también pueden influir indirectamente en la actividad de la PP2B-Aα.
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