POLR2J3活性化剤として分類される化学物質の集合体は、主にPOLR2J3が属するRNAポリメラーゼIIの転写活性の間接的な増強に関与する多様な化合物からなる。この増強は、クロマチン構造と転写機構の調節を通じて起こり、それによって遺伝子発現の増加を促進すると仮定されている。活性化剤には、トリコスタチンA、酪酸ナトリウム、ボリノスタット、フェニル酪酸などのヒストン脱アセチル化酵素阻害剤がある。
さらに、5-アザシチジンやアナカルジン酸のような薬剤は、それぞれDNAメチル化やヒストンアセチル化に作用し、クロマチンランドスケープを変化させる。S-アデノシルメチオニンは、様々な生化学的経路において普遍的なメチル供与体として機能し、転写因子結合、ひいてはPOLR2J3活性に影響を及ぼすメチル化パターンに影響を及ぼす可能性がある。さらに、β-エストラジオール、カフェ酸フェネチルエステル、エピガロカテキンガレート、レチノイン酸、ゲニステインなどの化合物は、POLR2J3が関与するRNAポリメラーゼII複合体によって転写される遺伝子を含む、遺伝子の転写制御を司る様々なシグナル伝達カスケードや転写因子に影響を与える可能性がある。
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