Os inibidores químicos da MPc3 podem exercer os seus efeitos inibitórios através da perturbação da regulação do ciclo celular, dado que a função da MPc3 está intimamente associada ao controlo do ciclo celular. Compostos como o PD 0332991, o Ribociclib e o Abemaciclib são todos classificados como inibidores da CDK4/6, que têm como alvo direto enzimas críticas para a fosforilação da proteína do retinoblastoma (Rb). Este evento de fosforilação é um pré-requisito para a progressão do ciclo celular da fase G1 para a fase S, uma área onde se sabe que o MPc3 actua. Ao inibir a CDK4/6, estes produtos químicos induzem efetivamente a paragem da fase G1, reduzindo assim o contexto celular em que a MPc3 exerce a sua função, levando à sua inibição funcional. Do mesmo modo, a olomoucina e a roscovitina têm como alvo específico uma série de CDK, incluindo CDK1, CDK2 e CDK5, contribuindo ainda mais para a paragem do ciclo celular e, consequentemente, para a inibição funcional da MPc3, impedindo a progressão das fases de que a MPc3 depende.
A alsterpaulona e o purvalanol A, que são inibidores potentes da CDK1 e da CDK2, também contribuem para impedir a progressão do ciclo celular, inibindo assim indiretamente a atividade da MPc3. Por outro lado, o Dinaciclib e o Milciclib alargam o âmbito da inibição para incluir outras CDK e cinases como a TrkA, que afectam não só o ciclo celular mas também a regulação da transcrição. Esta inibição de largo espetro perturba os processos celulares que são essenciais para a atividade da MPc3. O flavopiridol, ao inibir as CDK, afecta particularmente a regulação da transcrição que está ligada à progressão do ciclo celular, contribuindo ainda mais para a inibição funcional da MPc3. O SNS-032 e o AZD5438 alargam esta inibição às CDKs que são cruciais tanto para as transições do ciclo celular como para a maquinaria de transcrição, criando assim um ambiente celular que não é propício à atividade da MPc3, levando à sua inibição funcional.
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