Os inibidores químicos da MAST3 podem afetar a função da quinase através de vários mecanismos, principalmente perturbando a atividade da própria MAST3 ou as vias de sinalização que regulam a atividade da MAST3. A estatisporina actua como um inibidor não seletivo, visando uma vasta gama de cinases, incluindo as serina/treonina cinases a que pertence a MAST3. Esta inibição de largo espetro pode impedir a MAST3 de fosforilar os seus substratos. Do mesmo modo, a bisindolilmaleimida I, ao inibir a proteína quinase C, pode interromper as vias mediadas pela PKC que são críticas para a ativação da MAST3. O H-89, como inibidor específico da proteína quinase A, pode reduzir a fosforilação e consequente ativação da MAST3 ao limitar a atividade da PKA. Outro inibidor, o SP600125, tem como alvo a c-Jun N-terminal quinase, potencialmente prevenindo eventos de fosforilação mediados pela JNK importantes para a ativação da MAST3. O LY294002 e a Wortmannin, ambos inibidores das fosfoinositídeos 3-quinases, também podem levar à diminuição da ativação da MAST3 devido ao seu papel na sinalização relacionada com a PI3K.
Além destes, o PD98059 e o U0126 inibem especificamente a MEK1/2, que está a montante da MAST3. Ao bloquear a MEK1/2, estes inibidores podem reduzir a ativação de cinases a jusante, incluindo a MAST3. O SB203580, que inibe seletivamente a p38 MAP quinase, também pode diminuir a ativação da MAST3 ao interferir com as vias de sinalização relacionadas. O PP2, como inibidor das tirosina-cinases da família Src, pode modular a atividade de serina/treonina-cinases como a MAST3, apesar de o seu alvo primário ser as tirosina-cinases. A rapamicina, ao inibir a mTOR, pode interromper as vias de sinalização da mTOR que regulam a MAST3. Por último, o K252a é outro inibidor de cinase de largo espetro que, ao ter como alvo a proteína quinase C, entre outras, pode interferir com a atividade funcional da MAST3. Cada um destes inibidores, através das suas acções dirigidas quer diretamente à MAST3 quer às cinases que regulam a MAST3, pode levar a uma diminuição da atividade da cinase MAST3.
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