Gli inibitori chimici di IP6K3 possono comprendere una varietà di composti che hanno come bersaglio diverse chinasi e vie di segnalazione note per regolare l'attività di IP6K3. Il cloruro di litio inibisce la glicogeno sintasi chinasi 3 (GSK-3), una proteina chinasi che, quando è attiva, può fosforilare e inattivare l'IP6K3. Inibendo la GSK-3, il cloruro di litio può quindi mantenere l'IP6K3 in uno stato attivo. Analogamente, la staurosporina agisce come un inibitore di protein-chinasi ad ampio spettro, che include potenziali chinasi che fosforilano l'IP6K3. Impedendo questi eventi di fosforilazione, Staurosporina può ridurre lo stato di attivazione di IP6K3. Inoltre, Triciribina e LY294002 hanno come bersaglio diretto la via PI3K/Akt, con Triciribina che inibisce Akt e LY294002 che inibisce PI3K. Poiché la via PI3K/Akt può regolare l'IP6K3, l'inibizione di questa via può diminuire la fosforilazione e la successiva attivazione dell'IP6K3. Anche la rapamicina, un inibitore di mTOR, influisce sull'attività di IP6K3 inibendo una chinasi che può fosforilare IP6K3, determinando così una diminuzione della sua attività. Il cloruro di calmidazolio, un antagonista della calmodulina, inibisce le chinasi calmodulina-dipendenti che potrebbero influenzare la segnalazione calcio/calmodulina che regola l'attività di IP6K3.
L'inibizione della proteina chinasi A (PKA) dipendente dall'AMP ciclico con H-89 può determinare una riduzione della fosforilazione di IP6K3 se la PKA ha come bersaglio questa proteina. Inoltre, PD98059 e U0126 sono entrambi inibitori di MEK che possono ridurre l'attività della via MAPK/ERK. Poiché questa via può fosforilare IP6K3, la loro inibizione può portare a una diminuzione dell'attività di IP6K3. L'inibitore di JNK SP600125 e l'inibitore di p38 MAPK SB203580 agiscono inibendo le chinasi che possono fosforilare IP6K3, impedendone l'attivazione. Infine, Wortmannin, come LY294002, inibisce PI3K e serve a diminuire l'attivazione di IP6K3 riducendo l'attività delle vie di segnalazione a valle che portano alla fosforilazione di IP6K3. Attraverso questi diversi meccanismi, ogni inibitore chimico può portare a una diminuzione dell'attività funzionale di IP6K3 colpendo le chinasi e le vie che regolano il suo stato di attivazione.
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