Los inhibidores químicos de Herc1 funcionan principalmente mediante la obstrucción de la vía ubiquitina-proteasoma, un mecanismo celular que Herc1 utiliza para marcar proteínas no deseadas o dañadas para su degradación. El MG132, por ejemplo, actúa como un potente inhibidor reversible del proteasoma, impidiendo así la degradación de las proteínas que Herc1 ha marcado con ubiquitina. Esto conduce a una acumulación de estas proteínas dentro de la célula, lo que inhibe funcionalmente a Herc1 al detener el recambio y la regulación típicos de los niveles de proteínas que normalmente gestionaría. Del mismo modo, la epoxomicina actúa como inhibidor selectivo e irreversible del proteasoma, dirigiéndose a la misma vía de degradación y provocando una inhibición similar de la actividad de Herc1 al impedir la descomposición de sus sustratos ubiquitinados.
Tanto la lactocistina como el bortezomib comparten el mecanismo de inhibición del proteasoma: la lactocistina se une covalentemente al proteasoma 20S, mientras que el bortezomib utiliza su fracción de ácido borónico para inhibir el proteasoma 26S. Estas interacciones tienen como resultado el bloqueo de las funciones proteolíticas que normalmente degradarían las proteínas marcadas con Herc1. Carfilzomib, Oprozomib y Marizomib, todos ellos inhibidores irreversibles del proteasoma, conducen de forma similar a la inhibición funcional de Herc1 al asegurar que las proteínas ubiquitinadas no se descompongan, interfiriendo así con el papel de Herc1 en el mantenimiento de la proteostasis celular. Ixazomib, Delanzomib y Nelfinavir se unen e inhiben la actividad del proteasoma, lo que afecta directamente a la funcionalidad de Herc1 al impedir la degradación proteasomal de la que depende. Withaferin A, otro inhibidor del proteasoma, funciona de forma análoga, impidiendo el proceso de degradación de las proteínas diana de Herc1. Por último, el disulfiram es capaz de inhibir la vía de degradación proteasomal, lo que inhibe indirectamente a Herc1 al provocar una acumulación de proteínas que Herc1 ha marcado para su degradación, paralizando así las actividades reguladoras de la proteína dentro de la célula.
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