Los inhibidores químicos de la HDA5 actúan principalmente obstruyendo la capacidad de la enzima para desacetilar proteínas histónicas, un proceso clave en la regulación de la expresión génica en las células. La tricostatina A, el vorinostat y el panobinostat, por ejemplo, actúan uniéndose a la HDA5 e impidiendo su actividad desacetilasa. Esta interacción conduce a una acumulación de histonas acetiladas, que no pueden someterse al proceso normal de desacetilación que HDA5 suele facilitar. Del mismo modo, Belinostat y Romidepsin ejercen su efecto inhibidor asociándose con el sitio activo de HDA5, obstaculizando así la capacidad de la enzima para interactuar con las histonas y llevar a cabo su función de eliminar los grupos acetilo. La chidamida sigue el mismo mecanismo, uniéndose a la HDA5 y alterando su actividad, lo que se traduce en un aumento de las histonas acetiladas en la célula.
Además, el ácido valproico y el butirato sódico, aunque tienen usos primarios diferentes, también muestran una actividad inhibidora de la HDA5 al aumentar el nivel de acetilación de las histonas, afectando así a la estructura de la cromatina y alterando la expresión de los genes regulados por la HDA5. El SAHA, otro nombre del Vorinostat, se une al HDA5 y bloquea la función desacetiladora de la enzima, lo que provoca cambios en la expresión génica. El entinostat, el mocetinostat y la tacedinalina, todos ellos inhibidores de la HDAC, pueden inhibir la HDA5 uniéndose a su dominio de desacetilasa, impidiendo así que la enzima desacetile las proteínas histónicas. Esta inhibición provoca la persistencia de la acetilación en las histonas, lo que posteriormente afecta al control transcripcional que HDA5 normalmente ejercería sobre sus genes diana.
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