Gli inibitori chimici di Atg9b mirano a varie fasi della via dell'autofagia per impedirne la funzione. La 3-metiladenina e la wortmannina sono entrambi inibitori della fosfatidilinositolo 3-chinasi (PI3K) di classe III, un enzima integrato nell'avvio dell'autofagia. Questi inibitori impediscono la formazione di autofagosomi, inibendo così l'incorporazione di Atg9b nella membrana autofagosomica. Analogamente, LY294002, un altro inibitore di PI3K, ostacola il processo di nucleazione delle vescicole, che è un prerequisito per l'attività di Atg9b. SAR405 e PIK-III, che hanno come bersaglio specifico il complesso Vps34 e la PI3K Vps34 rispettivamente, influenzano in modo critico la nucleazione delle vescicole autofagiche, portando a un'inibizione funzionale di Atg9b. Spautin-1 inibisce indirettamente Atg9b promuovendo la degradazione di PI3K e interrompendo la via dell'autofagia, influenzando così il ruolo di Atg9b nella formazione degli autofagosomi.
Inoltre, l'idrossiclorochina e la clorochina aumentano entrambe il pH lisosomiale, interrompendo la degradazione degli autofagosomi, un processo in cui è coinvolto Atg9b. Questa alterazione del pH inibisce indirettamente la funzione di Atg9b interferendo con la maturazione degli autofagosomi. Bafilomicina A1 e Concanamicina A, entrambi inibitori della V-ATPasi, impediscono l'acidificazione dei lisosomi, cruciale per la fusione autofagosoma-lisosoma, inibendo indirettamente Atg9b interrompendo il flusso autofagico. Torin 1 e Ku-0063794, come inibitori di mTOR, inducono inizialmente l'autofagia; tuttavia, con un'esposizione prolungata, inibiscono la maturazione degli autofagosomi. Questa interruzione del normale processo di autofagia serve a inibire funzionalmente Atg9b interferendo con il suo ruolo nella maturazione degli autofagosomi, dimostrando come la modulazione dei segnali autofagici a monte e delle condizioni cellulari possa portare all'inibizione funzionale di Atg9b.
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