Os inibidores químicos do METH-2 funcionam através de vários mecanismos celulares para inibir a sua atividade. O triclabendazol afecta o METH-2 ao visar a enzima fosfoglicerato quinase, que faz parte da via da glicólise. Isto leva a uma redução dos níveis de ATP na célula, diminuindo consequentemente a energia disponível para a atividade da METH-2. O bortezomib actua de forma diferente, concentrando-se no proteassoma, um complexo responsável pela degradação de proteínas marcadas pela ubiquitinação. A inibição do proteassoma resulta na acumulação de proteínas que podem incluir inibidores da METH-2, levando assim, indiretamente, à redução da atividade funcional da METH-2 devido à presença dos seus inibidores. A rapamicina tem uma abordagem distinta; liga-se à FKBP12 para inibir a mTOR, uma quinase essencial para a síntese proteica e o crescimento celular. Esta ação pode levar a uma diminuição da síntese das proteínas essenciais para a atividade ou estabilidade da METH-2. A ciclosporina A, ao ligar-se às ciclofilinas e inibir a calcineurina, pode alterar o estado de fosforilação das proteínas que participam na ativação ou estabilização da METH-2, reduzindo a sua atividade.
Além disso, o imatinib actua inibindo a tirosina quinase Bcr-Abl, que está potencialmente envolvida na fosforilação e ativação da METH-2. A inibição desta quinase pode, assim, levar a uma diminuição da atividade do METH-2. O SB-431542 inibe especificamente as cinases semelhantes ao recetor de activina da superfamília TGF-β, que podem regular o METH-2, levando a uma diminuição da sua atividade. O LY294002 tem como alvo a fosfatidilinositol 3-quinase, que faz parte da via Akt que pode regular o METH-2; ao inibir esta quinase, a ativação do METH-2 é diminuída. Os inibidores da MEK, PD98059 e U0126, diminuem potencialmente a atividade do METH-2 ao reduzir a ativação da via da ERK, que pode fosforilar e ativar o METH-2. A inibição da via JNK pelo SP600125 também pode resultar na redução da ativação de proteínas envolvidas na regulação da função do METH-2. Por último, o sorafenib e o ZM-447439 inibem várias cinases, como as cinases VEGFR, PDGFR e Aurora, que podem regular o METH-2 durante diferentes vias de sinalização e a progressão do ciclo celular, levando a uma diminuição da atividade do METH-2.
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